The X-Files (1993-2018)

Aflevering 1: Pilot **

In het plaatsje Bellefleur in de staat Oregon komen een aantal tieners op mysterieuze wijze om het leven. FBI agent Fox Mulder ziet hierin meteen een verband met ontvoeringen door aliens.

Om zijn beweringen te ontkrachten krijgt Mulder een nieuwe partner toegewezen: de rationele en sceptische Dana Scully. Al snel wordt duidelijk dat er in Bellefleur inderdaad vreemde dingen gebeuren. Het is echter nog maar de vraag of Mulder ook daadwerkelijk genoeg bewijzen kan vinden die zijn vermoedens onderbouwen.

Opmerking: de Cigarette-Smoking Man wordt geïntroduceerd, hoewel hij in deze aflevering nog geen woord zegt.

Aflevering 2: Deep Throat **

Een testpiloot van een geheime luchtmachtbasis in Idaho is spoorloos verdwenen. Mulder raakt geïntrigeerd door deze zaak, maar krijgt van een mysterieuze man (de informant Deep Throat) het dringende advies om zich er niet mee te bemoeien. Desondanks gaan Mulder en Scully op onderzoek uit.

Aflevering 3: Squeeze

Een oude FBI collega van Scully vraagt Mulder en Scully om hulp bij een onverklaarbare zaak. De afgelopen tijd werden namelijk meerdere mensen op mysterieuze wijze vermoord. De dader lijkt moeiteloos kleine afgesloten ruimtes binnen te kunnen dringen. Ook werden de levers van de slachtoffers verwijderd.

Mulder ontdekt dat er 90 jaar geleden op deze manier ook al een aantal mensen werden gedood. Uiteindelijk komen de agenten de mutant Eugene Victor Tooms op het spoor, die de afgelopen 60 jaar geen dag ouder lijkt te zijn geworden.

Aflevering 4: Conduit

In Iowa is de kleine Kevin getuige van de mysterieuze verdwijning van zijn oudere zus Ruby. Hun moeder blijkt als kind een keer te zijn ontvoerd door aliens. Hierdoor ontstaat het vermoeden dat ook Ruby nu misschien is meegenomen door aliens. Ondertussen begint Kevin zich steeds vreemder te gedragen.

Mulder wordt door deze zaak geconfronteerd met zijn eigen verleden. Als kind was hij er namelijk getuige van hoe zijn zusje Samantha werd ontvoerd door aliens. Ze werd nooit meer terug gevonden. Een gebeurtenis die hem voor het leven heeft getekend.

Aflevering 5: The Jersey Devil

In de bossen van New Jersey zwerft een onbekend wezen rond, dat sinds 1947 al meerdere malen mensen heeft aangevallen en gedood. Mulder en Scully onderzoeken de zaak en ze ontdekken dat een wild oermens voor deze aanvallen verantwoordelijk is. Ondertussen lijkt de lokale politie weinig zin te hebben om mee te werken.

Aflevering 6: Shadows

Een vrouw uit Philadelphia, Lauren Kyte, wordt beroofd door twee mannen. Deze daders sterven even later onder mysterieuze omstandigheden. Het lijkt er in eerste instantie op dat Lauren buitengewone krachten heeft en dat ze op deze wijze misschien wraak heeft genomen op de mannen. Mulder en Scully ontdekken echter dat Lauren wordt beschermd door de geest van haar onlangs overleden baas.

Aflevering 7: Ghost in the Machine

In het hoofdkwartier van het software bedrijf Eurisko komt een werknemer om het leven. Al snel wordt duidelijk dat het besturingssysteem dat door dit bedrijf werd ontwikkeld een geheel eigen leven is gaan leiden. Deze kunstmatige intelligentie voelt zich namelijk bedreigd en probeert zichzelf nu op alle mogelijke manieren te beschermen.

Aflevering 8: Ice

In Alaska komen een aantal wetenschappers op mysterieuze wijze om het leven. Mulder en Scully trekken er vervolgens op uit om de zaak te onderzoeken. Ze ontdekken dat de omgekomen wetenschappers recentelijk per ongeluk een gevaarlijke buitenaardse parasiet uit het ijs hebben bevrijd.

Aflevering 9: Space

Mulder en Scully doen onderzoek bij NASA. Een onbekende probeert namelijk om het spaceshuttle programma te saboteren. Mulder krijgt hierdoor de kans om zijn grote held, de voormalig astronaut Marcus Belt, te ontmoeten. Belt blijkt tijdens een vorige missie in 1977 echter bezeten te zijn geraakt door een buitenaardse entiteit.

Aflevering 10: Fallen Angel **

Mulder wordt door zijn informant Deep Throat getipt over een neergestorte UFO in Wisconsin. Er begint vervolgens een race tegen de klok. Mulder wil namelijk proberen om snel zoveel mogelijk bewijzen te verzamelen, voordat de regering de zaak in doofpot heeft weggestopt. Mulders bazen bij de FBI zijn hier echter niet blij mee en dreigen de X-Files te sluiten.

Aflevering 11: Eve

Duizenden kilometers van elkaar verdaan worden tegelijkertijd op bijna identieke wijze twee moorden gepleegd. Al snel wordt duidelijk dat er een opvallende verbinding tussen beide zaken is. De slachtoffers hadden namelijk ieder een dochter, die elkaars klonen blijken te zijn. Mulder en Scully komen vervolgens een geheim kloonprogramma op het spoor.

Aflevering 12: Fire

De Britse politieagente Phoebe Green, een ex-vriendin van Mulder, vraagt Mulder en Scully om hulp. De Britse elite blijkt te worden geteisterd door een reeks brandstichtingen. De slachtoffers worden levend verbrand. Er is echter een gebrek aan bewijzen. Al snel wordt duidelijk dat de dader, Cecil L'Ively, geen lucifers nodig heeft om brand te kunnen stichten. Hij ontsteekt de vlammen namelijk met zijn geest.

Aflevering 13: Beyond the Sea

Scully ontvangt slecht nieuws: haar vader William is onverwacht aan een hartaanval overleden. Ondertussen wordt in North Carolina een jong stelletje ontvoerd.

De ter dood veroordeelde seriemoordenaar Luther Lee Boggs beweert meer over deze zaak te weten. Hij zou helderziende gaven hebben en wil zijn informatie delen met de politie, mits hij uit de dodencel wordt gehaald. Mulder is ervan overtuigd dat Boggs liegt, maar Scully - die wordt geplaagd door visioenen van haar overleden vader - lijkt dit keer te geloven dat de man inderdaad de waarheid verteld.

Aflevering 14: Gender Bender

Een man komt in een dansclub om het leven na seks te hebben gehad met een jonge vrouw. Zijn moordenaar blijkt binnen enkele seconden van geslacht te kunnen veranderen. Mulder en Scully onderzoeken deze zaak en komen een Amish-achtige sekte op spoor: de Kindred. Een mysterieuze groepering met een buitenaards tintje.

Aflevering 15: Lazarus

De FBI agent Jack Willis probeert na een anonieme tip een bankoverval tegen te houden. Er volgt een schietpartij, waarbij zowel de agent als één van de overvallers om het leven komen. Willis kan later echter worden gereanimeerd.

Opvallend is dat hij zich hierna behoorlijk vreemd begint te gedragen. Al snel wordt duidelijk dat in werkelijkheid het bewustzijn van de crimineel Warren Dupre heeft overleefd. Hij heeft nu op mysterieuze wijze bezit genomen van Willis' lichaam.

Aflevering 16: Young at Heart

Jaren geleden was Mulder betrokken bij de arrestatie van John Barnett, een gevaarlijke crimineel. Door een korte aarzeling van Mulder kwam destijds een andere FBI agent om het leven. Iets waar Mulder nog steeds veel spijt van heeft.

Barnett zou vier jaar geleden in de gevangenis zijn overleden, maar toch stuurt hij nu dreigbrieven naar Mulder. Uit onderzoek blijkt dat een dubieuze gevangenis dokter geheime experimenten uitvoerde op Barnett.

Aflevering 17: E.B.E. **

Mulder en Scully doen onderzoek naar een neergestorte UFO. Het wrak wordt in een vrachtwagen naar een onbekende locatie in de VS gebracht. Al snel ontdekt Scully ineens een afluisterapparaatje in haar pen. Ook begint Mulder te twijfelen aan de oprechtheid van zijn mysterieuze informant Deep Throat. Die blijkt namelijk opzettelijk valse informatie te hebben gelekt.

Opmerking: De Lone Gunmen worden geïntroduceerd: Byers, Langly en Frohike. Dit zijn vrienden van Mulder die zich uitsluitend bezighouden met complottheorieën.

Aflevering 18: Miracle Man

Mulder en Scully reizen naar de staat Tennessee om een bezoek te brengen aan Samuel Hartley, een gebedsgenezer. Deze jongeman blijkt betrokken te zijn bij een aantal mysterieuze sterfgevallen van volgelingen die eerder door hem werden 'genezen'.

Aflevering 19: Shapes

Mulder en Scully komen terecht in een indianenreservaat in Montana. Op een boerderij is een jongeman genaamd Joseph Goodensnake om het leven gekomen. Jim Parker, de boer die de indiaan heeft doodgeschoten, beweert echter dat hij werd aangevallen door een wild beest. Al snel wordt duidelijk dat Mulder en Scully hier te maken hebben met de indiaanse versie van een weerwolf.

Aflevering 20: Darkness Falls

In een bos in de staat Washington verdwijnt een groep houthakkers spoorloos. In eerste instantie valt de verdenking op een groep militante milieu activisten, die tegen illegale houtkap zijn. Uiteindelijk blijkt het bos echter geteisterd te worden door een zwerm kleine, maar zeer dodelijke vuurvliegjes.

Aflevering 21: Tooms

Het verhaal is een vervolg op de aflevering Squeeze. De seriemoordenaar Eugene Tooms wordt vrijgelaten. De bewijzen tegen hem worden namelijk ongeloofwaardig geacht. Mulder vindt dit onbegrijpelijk en begint Tooms overal te volgen om te voorkomen dat hij een nieuwe moord zal plegen.

Tooms zint echter op wraak. Hij doet net alsof hij door Mulder is mishandeld, waarna Mulder van zijn baas een reprimande krijgt.

Opmerking: FBI-directeur Walter Skinner wordt geïntroduceerd.

Aflevering 22: Born Again

Negen jaar geleden werd Detective Charlie Morris vermoord. Nu blijkt de geest van Charlie te zijn gereïncarneerd in het lichaam van een klein meisje, Michelle. De vermoorde politieagent wil namelijk wraak nemen op zijn moordenaars. De daders blijken enkele corrupte politiecollega’s te zijn.

Aflevering 23: Roland

Mulder en Scully onderzoeken de dood van Dr. Ronald Surnow, die voor een aeronautisch onderzoekslab werkte. Enige tijd geleden kwam ook een andere wetenschapper om het leven, Arthur Gamble.

De geestelijk gehandicapte conciërge Roland Fuller valt al snel op als een mogelijke verdachte. Hij blijkt op mysterieuze wijze onder de invloed te staan van zijn overleden broer Arthur.

Aflevering 24: The Erlenmeyer Flask **

Mulder en Scully onderzoeken de mysterieuze dood van twee wetenschappers. Dit leidt tot de ontdekking dat er geheime experimenten met buitenaardse bacteriën werden uitgevoerd op terminaal zieke mensen. Al snel wordt duidelijk dat de regering bezig is om alle bewijzen in deze zaak te vernietigen. Ook iedereen die de bewijzen gezien heeft wordt uit de weg geruimd.

Uiteindelijk wordt Deep Throat doodgeschoten. Zijn laatste woorden zijn "Trust no one". Enkele weken later krijgen Mulder en Scully te horen dat de X-Files door de FBI zijn gesloten.

Aflevering 1: Little Green Men **

Nadat de X-Files door de FBI werden gesloten zijn Mulder en Scully overgeplaatst. Scully werkt nu voor de FBI academie, terwijl Mulder verdachten moet afluisteren. Simpel werk en beiden vervelen zich dan ook. Mulder begint zelfs te twijfelen aan zijn zoektocht naar de waarheid.

Totdat Mulder op een dag hoort dat een sterrenwacht in Puerto Rico een buitenaards signaal zou hebben opgevangen. Hij stapt meteen op het vliegtuig om de zaak te onderzoeken.

Aflevering 2: The Host

De staat New Jersey wordt geteisterd door een gevaarlijke parasiet, die zich verplaatst via de riolering. Verschillende mensen komen hierdoor op mysterieuze wijze om het leven. Ondertussen denkt Mulder erover om de FBI te verlaten. Totdat duidelijk wordt dat er een connectie is tussen de vreemde sterfgevallen en dit eigenlijk X-Files zijn.

Verder wordt er een nieuwe informant van Mulder geïntroduceerd: een mysterieuze man genaamd X.

Aflevering 3: Blood

Een stadje in Pennsylvania wordt al maanden geteisterd door een reeks mysterieuze moorden. Verschillende daders zijn om onbekende reden helemaal doorgedraaid. Dit nadat ze op displays en beeldschermen een boodschap zagen die hen aanmoedigde om anderen te doden. Tientallen mensen kwamen hierdoor om het leven. Mulder en Scully onderzoeken dit mysterie.

Aflevering 4: Sleepless

In New York komen een aantal mannen op mysterieuze wijze om het leven. Vlak voor hun dood werden ze ineens geconfronteerd met hun grootste angst, wat hen fataal lijkt te zijn geworden. Onderzoekt wijst uit dat alle slachtoffers ooit deel genomen hebben aan een geheim militair experiment.

Ondertussen maakt Mulder kennis met zijn nieuwe partner: Alex Krycek, die zich al snel als geduchte concurrent ontpopt. Wat Mulder niet weet: Krycek werkt voor de Cigarette-Smoking Man.

Aflevering 5: Duane Barry **

De ex-FBI agent Duane Barry, inmiddels psychiatrisch patiënt, neemt een aantal mensen in gijzeling. Duane beweert ooit te zijn ontvoerd door aliens en dus worden Mulder en Krycek erop uit gestuurd om met hem te gaan praten.

Na een moeizame onderhandeling kan Duane uiteindelijk worden overmeesterd. Helaas weet hij hierna te ontsnappen uit het ziekenhuis, om vervolgens een nieuwe gijzelaar te nemen: Scully.

Opmerking: deze aflevering vormt het begin van een nieuwe mythologie binnen de serie. Scully wordt ontvoerd, een gebeurtenis die blijvende gevolgen zal hebben.

Aflevering 6: Ascension **

Scully wordt gegijzeld door de psychotische Duane Barry. Duane is ervan overtuigd dat hij binnenkort door aliens zal worden ontvoerd. Om dit te voorkomen wil hij Scully aan de aliens meegeven. Mulder gaat uiteraard meteen naar zijn vermiste partner op zoek, maar wordt op alle fronten tegengewerkt door Krycek. Wanneer Mulder er eindelijk in slaagt om Duane te lokaliseren, blijkt Scully spoorloos te zijn verdwenen. De aliens zouden haar hebben meegenomen, aldus Duane.

Even later komt Duane op mysterieuze wijze om het leven. Hierna begint Mulder zich te realiseren dat Duane door Krycek werd vermoord en dat Krycek samenwerkt met de Cigarette-Smoking Man. De wanhopige Mulder weet zijn baas Skinner ervan te overtuigen om de X-Files weer te openen. Krycek is echter ineens onvindbaar.

Aflevering 7: 3

Scully wordt nog altijd vermist. Mulder heeft eigenlijk weinig zin om zonder zijn partner weer aan de slag te gaan, maar hij vertrekt toch naar Los Angeles om een reeks rituele moorden te onderzoeken. Al snel komt hij een aantal vampieren op het spoor. Een korte affaire met een vrouwelijke vampier heeft echter levensgevaarlijke consequenties voor Mulder.

Aflevering 8: One Breath **

Na een maandenlange vermissing duikt Scully ineens op in een ziekenhuis, levend! Hoe ze hier is terechtgekomen is echter onduidelijk. Bovendien is haar toestand is kritiek. Ze ligt nu in een coma.

Vervolgens ontdekken de Lone Gunmen dat er experimenten op Scully zijn uitgevoerd. Mulder is woedend en wil weten wat er precies met zijn partner is gebeurd, maar komt hierdoor in conflict met zijn informant X. Die geeft Mulder namelijk het advies om de zaak te laten rusten en Scully te laten sterven.

Mulder besluit hierna de confrontatie te zoeken met de Cigarette Smoking Man. Mulder houdt hem verantwoordelijk voor Scully’s ontvoering en wil wraak. In eerste instantie is Mulder van plan om de Cigarette Smoking Man te doden. Wanneer duidelijk wordt dat hierdoor ook alle antwoorden verloren zouden gaan, besluit Mulder zijn tegenstander te laten leven.

Uiteindelijk komt Scully weer bij bewustzijn. Ze blijkt geen enkele herinnering te hebben aan haar ontvoering.

Aflevering 9: Firewalker

Een groep wetenschappers heeft een robot ontworpen, de Firewalker, die onderzoek kan doen in een actieve vulkaan. Meerdere teamleden komen echter op mysterieuze wijze om het leven. Mulder en Scully trekken er vervolgens op uit om de zaak te onderzoeken. Ze krijgen te maken met een nieuwe dodelijke levensvorm.

Aflevering 10: Red Museum **

Een vermiste tiener wordt door politieagenten naakt in een bos teruggevonden. Op zijn rug staat een mysterieuze tekst: "He is one." Het is onduidelijk wat er precies met hem is gebeurd. Mulder en Scully onderzoeken deze zaak. Ze stellen vast dat de jongen niet het enige slachtoffer was. In eerste instantie vermoeden de agenten dat ze te maken hebben met een vreemde religieuze cult.

Uiteindelijk blijkt er echter een verbinding te zijn met de gebeurtenissen uit de aflevering The Erlenmeyer Flask (uit het eerste seizoen).

Aflevering 11: Excelsis Dei

Mulder en Scully onderzoeken een vreemde zaak in de staat Massachusetts. Een verpleegster in een verzorgingstehuis beweert te zijn verkracht door een onzichtbare man. Al snel wordt duidelijk dat er in het tehuis allerlei mysterieuze dingen gebeuren. Dit blijkt te worden veroorzaakt door een drug tegen Alzheimer met bijzondere bijwerkingen. De boze geesten van overleden bewoners worden hierdoor namelijk weer tot leven gewekt.

Aflevering 12: Aubrey

In 1942 verdwenen de FBI agenten Sam Chaney en zijn partner Ledbetter spoorloos. De agenten deden destijds onderzoek naar een reeks moorden en verkrachtingen, maar ze werden uiteindelijk zelf ook het slachtoffer van deze dader.

Vijftig jaar later worden de overblijfselen van Chaney terug gevonden in het plaatsje Aubrey. Kort na deze ontdekking lijkt ook dezelfde seriemoordenaar plotseling opnieuw te hebben toegeslagen. Mulder en Scully ontdekken echter dat de oorspronkelijke dader zijn gewelddadige genen en herinneringen op mysterieuze wijze heeft doorgegeven aan zijn nageslacht.

Aflevering 13: Irresistible

Mulder en Scully krijgen te maken met Donnie Pfaster, een man met een gruwelijke obsessie voor de dood. Hij vermoordt meerdere vrouwen om vervolgens hun haren, vingers of nagels af te snijden. Al snel raakt Donnie ook geobsedeerd door Scully. Hij ontvoert haar en houdt haar gevangen. Voor Mulder begint een race tegen de klok om zijn collega te redden.

Aflevering 14: Die Hand Die Verletzt

Mulder en Scully reizen af naar de staat New Hampshire om de mysterieuze dood van een tiener te onderzoeken. Al snel blijken zowel de leerlingen alsook de leraren van de plaatselijke middelbare school in de ban te zijn van het occulte. Niemand heeft in de gaten dat de duivel hoogstpersoonlijk een oog in het zeil houdt, in de gedaante van de lerares Mrs. Paddock.

Aflevering 15: Fresh Bones

De militair Jack McAlpin heeft een mysterieuze hallucinatie, waarna hij met zijn auto tegen een boom botst en sterft. Onlangs kwam een andere militair op soortgelijke wijze om het leven. De autoriteiten denken nu dat het om zelfmoord gaat.

Mulder en Scully ontdekken echter dat deze zaak te maken heeft met voodoo. De overleden militairen werkten namelijk in een detentie kamp voor vluchtelingen uit Haïti. Daar gebeuren vreemde dingen.

Aflevering 16: Colony **

Een UFO stort neer in de Beaufortzee. De buitenaardse piloot - een bounty hunter - blijkt echter nog te leven en weet te ontsnappen. Vervolgens begint de mysterieuze alien in verschillende Amerikaanse klinieken artsen te vermoorden. Opvallend is dat alle slachtoffers hetzelfde uiterlijk hebben. Het blijkt namelijk om klonen te gaan, die nu systematisch uit de weg worden geruimd.

Ondertussen ontvangt Mulder verrassend nieuws. Een onbekende volwassen vrouw beweert zijn vermiste zusje Samantha te zijn. Zij werd als kind ontvoerd door aliens en verdween hierna spoorloos.

Opmerking: in deze aflevering worden de buitenaardse "bounty hunters" geïntroduceerd. Deze aliens zijn levensgevaarlijk en kunnen moeiteloos ieder menselijk uiterlijk aannemen.

Aflevering 17: End Game **

Scully wordt gegijzeld door de buitenaardse bounty hunter. Hij wil haar inruilen voor Samantha, de vrouw die beweert de vermiste zus van Mulder te zijn. Deze Samantha blijkt ondertussen bijzonder veel van de aliens en hun mysterieuze plannen af te weten.

Al snel wordt duidelijk waarom. Ze is namelijk niet de echte Samantha, maar slechts één van haar vele (buitenaardse) klonen. Uiteindelijk worden alle klonen door de bounty hunter vermoord. Dit roept natuurlijk de vraag op wat er met de echte Samantha is gebeurd. In een poging om antwoorden op al zijn vragen te krijgen, gaat Mulder met gevaar voor eigen leven op zoek naar de bounty hunter.

Aflevering 18: Fearful Symmetry

Mulder en Scully doen onderzoek naar een dierentuin in Idaho. Hier ontsnapt een onzichtbare olifant, die vervolgens voor veel chaos in het stadje zorgt. Er blijken al eerder wilde dieren op mysterieuze wijze te zijn verdwenen. De dierentuin denkt dat activisten de dieren hebben laten ontsnappen. De Lone Gunmen denken echter dat aliens hiervoor verantwoordelijk zijn. Uiteindelijk blijken de dieren inderdaad door aliens te worden ontvoerd voor experimenten.

Aflevering 19: Død Kalm

De USS Ardent, een schip van de Amerikaanse marine, verdwijnt spoorloos in de Noorse Zee. Achttien uur later wordt een deel van de bemanning door een Canadees vissersschip terug gevonden in een reddingsboot. Opmerkelijk is dat de jonge zeelieden binnen een dag vele jaren ouder zijn geworden. Korte tijd later blijken bijna alle geredde bemanningsleden te zijn overleden aan ouderdom. Vervolgens reizen Mulder en Scully naar Noorwegen om deze mysterieuze zaak te onderzoeken.

Aflevering 20: Humbug

Mulder en Scully reizen af naar het plaatsje Gibsonton in Florida. Hier wonen voornamelijk circus artiesten, een nogal excentrieke groep mensen. In Gibsonton is op mysterieuze wijze een man om het leven gekomen. Hij is het meest recente slachtoffer in een lange reeks vreemde moordzaken. Het eerste slachtoffer stierf al 28 jaar geleden. Een dader is echter nog steeds niet gevonden.

Aflevering 21: The Calusari

Een kleine jongen, Teddy, komt op tragische wijze om het leven in een pretpark. Mulder krijgt vervolgens een foto van Teddy in handen, die enkele momenten voor zijn dood werd genomen. Uit de foto blijkt dat er geen sprake was van een ongeluk, maar van bovennatuurlijke opzet.

Mulder en Scully ondervragen de familie van het omgekomen kind. De agenten krijgen al snel te maken met Teddy's mysterieuze grootmoeder Golda, die oorspronkelijk uit Roemenië komt.

Aflevering 22: F. Emasculata

In een gevangenis in Virginia komt een gevangene op mysterieuze wijze om het leven. De autoriteiten vermoeden dat er sprake is van een besmettelijke ziekte en plaatsen het hele gebouw in quarantaine. Enkele zieke gevangenen blijken echter uit de gevangenis te zijn ontsnapt. Uiteindelijk wordt duidelijk dat een farmaceutisch bedrijf de gevangenen als proefkonijnen heeft gebruikt.

Aflevering 23: Soft Light

Na een reeks mysterieuze sterfgevallen in Virginia roept de lokale politie de hulp in van Mulder en Scully. Mulder denkt in eerste instantie dat men hier te maken heeft met spontane menselijke zelfontbranding. Al snel komen de agenten echter een wetenschapper op het spoor die doodsbang is voor zijn eigen schaduw.

Ondertussen blijkt Mulders informant X een eigen agenda te hebben.

Aflevering 24: Our Town

Mulder en Scully reizen naar het dorpje Dudley in de staat Arkansas. Hier wordt een man vermist. De agenten ontdekken dat in de afgelopen jaren tientallen mensen spoorloos zijn verdwenen in en rond Dudley. Mulder begint hierna te vermoeden dat de dorpelingen in werkelijkheid kannibalen zijn.

Aflevering 25: Anasazi **

Mulder krijgt een digitale tape in handen, waarop belangrijke informatie over de buitenaardse samenzwering staat. De informatie op de tape is echter gecodeerd. Scully roept daarom de hulp in van Albert Hosteen, een code breker van de Navajo indianen.

Ondertussen begint Mulder zich gewelddadig te gedragen, waardoor het vertrouwen tussen Scully en haar partner op de proef wordt gesteld. Na verloop van tijd wordt duidelijk dat Mulder werd gedrogeerd, wat zijn vreemde gedrag verklaard.

De Cigarette Smoking Man maakt zich grote zorgen. Hij wil niet dat de informatie op de tape uitlekt en neemt daarom contact op met Mulders vader, Bill. Die blijkt vroeger ook nauw bij de samenzwering betrokken te zijn geweest. Bill wil zijn geheim nu opbiechten aan zijn zoon.

Voordat hij echter ook maar iets over het complot kan onthullen, wordt Bill vermoord door Alex Krycek. Mulder ontdekt uiteindelijk een treinwagon vol met buitenaardse lijken, maar de Cigarette Smoking Man laat alle lijken – en daarmee alle bewijzen – verbranden.

Aflevering 1: The Blessing Way **

Nu er allerlei geheime informatie over de samenzwering is uitgelekt, probeert de Cigarette Smoking Man de schade zo veel mogelijk te beperken. Alle bewijzen worden systematisch vernietigd.

Ondertussen ontdekt Scully per toeval dat ze een klein implantaat van metaal in haar nek heeft. Ze laat dit implantaat door een arts verwijderen. Waar het object vandaan komt is echter onbekend. Verder wordt Scully op de begrafenis van Mulders vader Bill benaderd door een mysterieuze oudere man. Hij geeft haar een waarschuwing: binnenkort zal Scully worden vermoord door een bekende.

Even later vindt er inderdaad een aanslag plaats. Helaas vergissen Krycek en zijn handlanger zich: niet Scully, maar wel haar zus Melissa wordt per ongeluk doodgeschoten.

Aflevering 2: Paper Clip **

Mulder heeft een oude foto ontdekt. Hierop staat zijn vader Bill samen met een aantal andere mannen. Dit zijn o.a. de Cigarette Smoking Man en de inmiddels overleden informant Deep Throat.

Ondertussen moet de Cigarette Smoking Man zich verantwoorden tegenover zijn collega-samenzweerders. Ze zijn namelijk boos dat de digitale tape met informatie over de samenzwering nog steeds niet is teruggevonden. Skinner blijkt deze tape in zijn bezit te hebben. Later wordt de tape echter door Alex Krycek gestolen.

Na de mislukte aanslag op Scully, besluit de Cigarette Smoking Man om Krycek uit de weg te ruimen met een autobom. Helaas overleeft Krycek, met de tape.

Aflevering 3: D.P.O.

Mulder en Scully onderzoeken een reeks vreemde sterfgevallen in Oklahoma. De slachtoffers stierven na een mysterieuze blikseminslag. Al snel komen de agenten de labiele Darin Peter Oswald op het spoor, die bijzondere krachten blijkt te hebben nadat hij zelf door de bliksem werd getroffen.

Aflevering 4: Clyde Bruckman's Final Repose

Mulder en Scully onderzoeken een serie uiterst gruwelijke moordzaken. Er zijn weinig aanknopingspunten, totdat de agenten kennismaken met een oudere man genaamd Clyde Bruckman.

Al snel wordt duidelijk dat Bruckman helderziend is en de gave heeft om te voorspellen wanneer (en hoe) mensen gaan sterven. Hij heeft echter weinig interesse om de FBI te helpen. Toch doet hij een aantal interessante uitspraken over de toekomst. Scully gelooft hier eerst niets van, totdat alle voorspellingen één voor één beginnen uit te komen.

Aflevering 5: The List

Een gevangene uit Florida met de bijnaam Neech is veroordeeld tot de doodstraf. Voordat deze straf wordt uitgevoerd zweert hij na zijn dood terug te zullen keren. Neech wil namelijk wraak nemen op degenen die hem in de gevangenis dwars hebben gezeten.

Korte tijd later komen er een aantal cipiers op mysterieuze wijze om het leven. Mulder en Scully onderzoeken de zaak. De grote vraag is natuurlijk of de geëxecuteerde man werkelijk is terug gekeerd. Of had Neech een handlanger die postuum zijn bevelen uitvoert?

Aflevering 6: 2Shy

Mulder en Scully gaan op zoek naar een seriemoordenaar die het heeft voorzien op vrouwen met overgewicht. De dader zoekt contact met zijn slachtoffers via een chatroom. Vervolgens zuigt hij op mysterieuze wijze al het vet uit hun lichaam.

Aflevering 7: The Walk

Een patiënt in een militair ziekenhuis doet voor de derde keer een zelfmoord poging, die echter alweer mislukt. De man beweert dat een mysterieuze onzichtbare kracht hem niet laat sterven. Mulder en Scully onderzoeken de zaak en krijgen vervolgens te maken met een reeks mysterieuze sterfgevallen. Al snel komen de agenten een geamputeerde veteraan van de Golf oorlog op het spoor, die bijzondere krachten heeft.

Aflevering 8: Oubliette

Het tiener meisje Amy wordt ontvoerd en gemarteld door een fotograaf. Kilometers verderop voelt de volwassen Lucy op mysterieuze wijze alle pijn van Amy. Lucy blijkt vele jaren geleden als kind door dezelfde dader te zijn ontvoerd.

Mulder raakt al snel geobsedeerd door deze zaak, vooral omdat hij de ontvoering van zijn eigen zusje Samantha nooit heeft kunnen verwerken.

Aflevering 9: Nisei **

Mulder ontvangt een video van een autopsie op een alien, uitgevoerd door Japanse wetenschappers. Mulder gelooft dat de beelden echt zijn en gaat op onderzoek uit om meer over de autopsie te ontdekken. Al snel blijkt de maker van de video te zijn vermoord.

Ondertussen komt Scully in contact met een groep vrouwen, die precies hetzelfde als zij zelf hebben meegemaakt. Ook deze vrouwen werden namelijk ontvoerd en bleken naderhand een metalen implantaat te hebben. Nu zijn al deze vrouwen stervende aan kanker.

Aflevering 10: 731 **

Mulder gaat door met zijn onderzoek naar de autopsie op de alien, maar brengt zichzelf hierdoor in levensgevaar. Ondertussen wil Scully antwoorden over haar ontvoering in het vorige seizoen. Wie ontvoerde haar en vooral: waarom?

Uiteindelijk blijken Japanse wetenschappers al decennia lang te experimenteren met menselijke-buitenaardse hybriden. Deze experimenten vinden plaats in onopvallende treinwagons die door de hele V.S. rijden. Scully ontdekt dat deze experimenten ook op haar werden uitgevoerd tijdens haar ontvoering.

Aflevering 11: Revelations

Mulder en Scully onderzoeken een reeks religieuze moorden. De afgelopen jaren werden er elf mensen vermoord die beweerden dezelfde stigmata te hebben als Christus tijdens diens kruisiging. Deze mensen bleken later echter allemaal oplichters te zijn.

Ondertussen vertoont de kleine Kevin uit Ohio ineens ook stigmata. Nu moeten Mulder en Scully proberen het leven van de jongen te redden, voordat ook hij het slachtoffer zal worden van de onbekende moordenaar.

Interessant is dat in deze aflevering de rollen tussen Mulder en Scully voor het eerst zijn omgedraaid. De katholieke Scully is ervan overtuigd dat Kevins stigmata echt zijn, terwijl Mulder hierover uiterst sceptisch is.

Aflevering 12: War of the Coprophages

Een klein dorpje in Massachusetts wordt getroffen door een mysterieuze kakkerlakkenplaag. Verschillende mensen komen hierdoor om het leven. Mulder reist af naar de plek des onheils om deze zaak te onderzoeken.

Scully blijft dit keer thuis en ondersteunt het onderzoek vooral telefonisch. Voor alle sterfgevallen kan Scully steeds weer een volkomen logische verklaring bedenken. Mulder gelooft uiteraard liever in een bovennatuurlijke oplossing.

Aflevering 13: Syzygy

In het plaatsje Comity gebeuren allerlei vreemde dingen. Enkele scholieren van een plaatselijke middelbare school lijken namelijk helemaal in de ban te zijn van een satanische cult, met vele dodelijke slachtoffers tot gevolg. Dit alles blijkt te worden veroorzaakt door een bijzondere stand van de sterren.

Mulder en Scully trekken erop uit om de zaak te onderzoeken en krijgen daarbij hulp van Detective Angela White. Deze samenwerking verloopt echter niet bepaald soepel. Mulder en Scully hebben namelijk steeds meer onenigheid met elkaar, terwijl Detective White haar oog op Mulder laat vallen.

Aflevering 14: Grotesque

De geestelijk labiele immigrant John Mostow wordt verdacht van een reeks gewelddadige moorden. Mostow beweert echter onschuldig te zijn. Niet hij, maar een gargouille zou de dader zijn. Mulder raakt al snel geobsedeerd door deze zaak. Scully maakt zich ernstige zorgen om hem, vooral wanneer Mulder zelf ook wordt aangevallen door het mysterieuze wezen.

Aflevering 15: Piper Maru **

In de Grote Oceaan ontdekt het bergingsschip Piper Maru het wrak van een vliegtuig uit de Tweede Wereldoorlog. De piloot blijkt echter nog te leven. Zijn lichaam is namelijk bezeten door een soort zwarte olie, een substantie die van buitenaardse afkomst blijkt te zijn. Ongemerkt raakt ook de bemanning van het schip besmet met deze olie.

Mulder en Scully onderzoeken de zaak en krijgen vervolgens opnieuw te maken met Alex Krycek. Ondertussen wordt Skinner neergeschoten door een handlanger van Krycek, die eerder ook Melissa (de zus van Scully) doodschoot.

Opmerking: in deze aflevering wordt voor het eerst de buitenaardse zwarte olie geïntroduceerd. Deze mysterieuze substantie speelt in de verdere seizoenen van de serie een belangrijke rol.

Aflevering 16: Apocrypha **

De kijker komt in deze aflevering meer te weten over de buitenaardse zwarte olie, die al in 1953 op aarde werd ontdekt. Destijds deden een nog jonge Bill Mulder en Cigarette Smoking Man onderzoek naar de mysterieuze olie.

In het heden blijkt Alex Krycek onder de invloed te zijn van de zwarte olie. Hij heeft de gestolen tape (uit de aflevering Paper Clip) nog steeds in zijn bezit, maar wil deze nu ruilen voor nieuwe informatie van de Cigarette Smoking Man.

Ondertussen probeert Scully de moordenaar van haar zus Melissa op te sporen. Dezelfde man (Luis Cardinal, een handlanger van Krycek) heeft ook Skinner neergeschoten. Cardinal kan worden gearresteerd, maar wordt later dood terug gevonden in zijn cel voordat hij een verklaring kan afleggen.

Aflevering 17: Pusher

Mulder en Scully krijgen te maken met Robert Patrick Modell. Zijn bijnaam is Pusher. Hij kan namelijk op mysterieuze wijze anderen pushen zijn opdrachten uit te voeren. Dit komt door een tumor in zijn hoofd die hem telepathische krachten geeft. De FBI verdenkt Modell van een reeks moorden en wil hem arresteren. Dit heeft echter tot gevolg dat ook Mulder onder de invloed van Modell komt te staan. Hij dwingt Mulder om Russische roulette met zichzelf en Scully te spelen.

Aflevering 18: Teso Dos Bichos

In Ecuador wordt tijdens een archeologische opgraving een oude urn gevonden. Dit voorwerp wordt vervolgens meegenomen naar een museum in Boston. Al snel wordt duidelijk dat de archeologen hiermee een oude geest hebben verstoord. Die neemt wraak door zowel de archeologen alsook het museumpersoneel op gruwelijke wijze te vermoorden.

Aflevering 19: Hell Money

Mulder en Scully brengen een bezoek aan San Francisco. In Chinatown zijn recentelijk een aantal Chinese immigranten vermoord. De slachtoffers worden levend verbrand. Samen met een plaatselijke detective ontdekken de agenten vervolgens dat deze zaak met illegale orgaanhandel te maken heeft.

Aflevering 20: Jose Chung's From Outer Space

Een jong stelletje wordt op een avond ontvoerd door aliens. Tenminste, zo lijkt het, want niemand weet wat zich die avond precies heeft afgespeeld. Zowel de slachtoffers alsook alle getuigen geven naderhand namelijk een andere verklaring.

Dit is uitermate lastig voor de befaamde auteur Jose Chung, die net een boek aan het schrijven is over buitenaardse ontvoeringen. Hij ondervraagt Scully over haar ervaringen tijdens het onderzoek naar deze zaak, maar dat levert weinig concrete antwoorden op. Wat volgt is een mysterieus verhaal vol onverwachte wendingen, wonderlijke getuigen en gevaarlijke men in black. Maar wat is feit en wat is slechts fictie?

Aflevering 21: Avatar

Skinner heeft het moeilijk: zijn vrouw wil na 17 jaar huwelijk scheiden. Daarom bezoekt hij een bar, om vervolgens het bed in te duiken met een prostituee. De volgende morgen is deze vrouw echter dood: ze werd vermoord. Mulder en Scully moeten nu proberen om de zaak op te lossen, hoewel Skinner zelf aangeeft geen hulp te willen. De agenten komen al snel een samenzwering tegen hun baas op het spoor.

Aflevering 22: Quagmire

Mulder en Scully reizen naar de staat Georgia om een reeks mysterieuze verdwijningen te onderzoeken. In een groot meer blijkt een monster te leven, dat door de lokale bewoners Big Blue wordt genoemd. Dit wezen zou meerdere mensen hebben verslonden. Scully gelooft er natuurlijk niets van. Vervolgens wordt echter ook haar geliefde hondje Queequeg door Big Blue opgegeten.

Aflevering 23: Wetwired

Op onverklaarbare wijze beginnen normale mensen uit het plaatsje Braddock Heights in Maryland ineens te moorden. Dit lijkt te worden veroorzaakt door vreemde hallucinaties. Mulder en Scully trekken erop uit om de zaak te onderzoeken, maar Scully begint zich al snel af te vragen of ze haar partner nog wel kan vertrouwen. Ze is namelijk getuige van een geheime ontmoeting tussen Mulder en de Cigarette Smoking Man.

Aflevering 24: Talitha Cumi **

Mulder en Scully maken kennis met de buitenaardse Jeremiah Smith, een man met bijzondere helende krachten. Hij kan zelfs de doden weer tot leven wekken. Helaas valt Smith al snel in handen van de Cigarette Smoking Man en het Syndicaat.

In de loop van het onderzoek komen er een aantal duistere familiegeheimen van Mulder bovendrijven. Zo wordt onthuld dat de Cigarette Smoking Man en Mulders moeder Teena vroeger een affaire hebben gehad. Ook nu hebben ze nog steeds contact.

Aflevering 1: Herrenvolk **

Mulder is op de vlucht geslagen met Jeremiah Smith. Het duo wordt constant achtervolgd door een buitenaardse bounty hunter, die Smith wil vermoorden. Smith en Mulder reizen hierna naar Canada. Mulder wordt daar opnieuw geconfronteerd met klonen van zijn zusje Samantha. Dit keer geen volwassen vrouwen, maar kleine kinderen.

Ondertussen realiseert het Syndicaat zich dat er een lek is. Mulders informant X wordt als het lek ontmaskerd, wat ernstige gevolgen heeft. De Cigarette Smoking Man laat X namelijk vermoorden.

Aflevering 2: Home

In een dorp in Pennsylvania ontdekken spelende kinderen het lijkje van een ernstig misvormde baby. Mulder en Scully worden erop uit gestuurd op de zaak te onderzoeken. Vervolgens komen ze de familie Peacock op het spoor, die al generaties lang aan inteelt doet.

Aflevering 3: Teliko

Mulder en Scully onderzoeken een reeks mysterieuze moorden. De slachtoffers zijn allen zwarte mannen, wiens huid na hun dood ineens wit is geworden. Al het pigment uit hun huid blijkt te zijn verdwenen.

Aflevering 4: Unruhe

Een aantal vrouwen wordt ontvoerd door een mysterieuze man. De dader geeft zijn slachtoffers vervolgens een lobotomie. De enige aanwijzing in deze zaak zijn onduidelijke foto’s van de slachtoffers, die vlak voor hun ontvoering werden genomen. Wanneer ook Scully plotseling wordt ontvoerd, begint voor Mulder een race tegen de klok om zijn partner te redden.

Aflevering 5: The Field Where I Died

De autoriteiten ontvangen een tip over vermeend kindermisbruik en illegaal wapenbezit bij een sekte genaamd Temple of the Seven Stars. De FBI besluit hier vervolgens een inval te doen. Op dat moment krijgt Mulder een déjà vu. Terwijl de leider van de sekte wordt gearresteerd, maakt Mulder kennis met één van diens zes vrouwen: Melissa. Hij voelt meteen een bijzondere band met haar.

Melissa beweert dat zij en Mulder elkaar in een vorig leven hebben gekend. Scully denkt dat Melissa gewoon een persoonlijkheidsstoornis heeft, maar Mulder raakt er al snel van overtuigd dat Melissa de waarheid spreekt.

Aflevering 6: Sanguinarium

Mulder en Scully onderzoeken een reeks bizarre sterfgevallen op de afdeling plastische chirurgie van een ziekenhuis in Chicago. Mulder begint al snel te vermoeden dat hier sprake is van hekserij.

Aflevering 7: Musings of a Cigarette Smoking Man

Mulder en Scully hebben een ontmoeting met de Lone Gunmen. Frohike denkt meer informatie te hebben ontdekt over het leven van de mysterieuze Cigarette Smoking Man. Zo zou hij hoogstpersoonlijk John F. Kennedy en Martin Luther King hebben doodgeschoten. Ook zou de Cigarette Smoking Man in zijn vrije tijd een mislukte romanschrijver zijn.

Mulder, Scully en Frohike hebben echter niet in de gaten dat de Cigarette Smoking Man meeluistert terwijl Frohike zijn verhaal vertelt. Het is uiteindelijk aan de kijker om te beslissen of al deze informatie wel of niet plausibel is.

Aflevering 8: Tunguska **

Na de gebeurtenissen uit het vorige seizoen heeft Alex Krycek zich tegen zijn baas de Cigarette Smoking Man gekeerd. Nu beweert Krycek dat hij Mulder wil helpen. Na een tip van Krycek wordt op een Amerikaans vliegveld een stuk meteoriet uit Rusland onderschept. Deze steen blijkt de buitenaardse zwarte olie te bevatten.

Vervolgens reizen Mulder en Krycek naar Rusland om te onderzoeken waar de meteoriet precies vandaan kwam. Eenmaal in Rusland aangekomen worden de mannen opgepakt en komen ze in een goelag terecht. Hier worden mysterieuze experimenten met de zwarte olie op de gevangenen uitgevoerd.

Aflevering 9: Terma **

In de Russische goelag doet Mulder een onaangename ontdekking: Krycek is in werkelijkheid een dubbelagent voor de Russen. Vervolgens weet Mulder met veel moeite te ontsnappen, waarna hij terugkeert naar de VS. Ondertussen blijkt een voormalige KGB agent door Krycek te zijn ingehuurd om in de VS allerlei bewijzen te vernietigen.

Aflevering 10: Paper Hearts

Jaren geleden was Mulder betrokken bij de arrestatie van John Lee Roche, een seriemoordenaar die 13 meisjes zou hebben vermoord. Nu wordt echter duidelijk dat hij destijds nog veel meer slachtoffers heeft gemaakt.

Mulder raakt al snel geobsedeerd door het idee dat zijn zusje Samantha misschien niet door aliens, maar wel door deze John Lee Roche werd ontvoerd. Roche beweert namelijk meer informatie te hebben over Samantha’s mysterieuze verdwijning.

Aflevering 11: El Mundo Gira

Een illegale immigrante uit Mexico en een geit komen samen op mysterieuze wijze om het leven in Californië. Al snel ontstaat het vermoeden dat de Chupacabra (een wezen uit de Mexicaanse mythologie) hiervoor verantwoordelijk is. Soledad Buente wijst echter zijn verdwenen broer Eladio als schuldige aan. De overleden vrouw was namelijk de oorzaak van een vete tussen beide broers.

Scully ontdekt dat Maria in werkelijkheid werd gedood door een snel groeiende gevaarlijke schimmel.

Aflevering 12: Leonard Betts

Leonard Betts werkt als verpleegkundige in een ambulance. Wanneer de ambulance verongelukt, komt Leonard hierbij om het leven. Hij wordt namelijk onthoofd. Zijn lichaam wordt vervolgens naar een mortuarium gebracht. Hier komt Leonards lichaam echter weer tot leven: hij loopt zo het mortuarium uit. Op het lichaam blijkt later vanzelf een nieuw hoofd te zijn gegroeid.

Mulder en Scully starten een onderzoek naar de mysterieuze Leonard en ontdekken dat hij zich kan regenereren door kankercellen te eten.

Aflevering 13: Never Again

Ed Jerse is net gescheiden van zijn vrouw, die de voogdij over hun kinderen heeft gekregen. Nadat hij zich in een bar helemaal klem heeft gezopen, stapt hij stomdronken bij een tatoeëerder binnen. Ed laat een bijzondere tattoo van een vrouw zetten, met daaronder de tekst Never Again.

Vervolgens blijkt de vrouw in de tattoo te kunnen praten. Hierdoor verliest Ed steeds weer de controle. Nadat hij ook nog eens wordt ontslagen, wordt hij agressief en vermoordt zijn buurvrouw.

Ondertussen hebben Mulder en Scully ruzie gehad. Hierna besluit een nietsvermoedende Scully om de nacht door te brengen met Ed.

Aflevering 14: Memento Mori **

Scully blijkt een hersentumor te hebben. Mulder is ervan overtuigd dat dit het gevolg is van de experimenten die tijdens haar ontvoering op Scully werden uitgevoerd. Scully en Mulder willen vervolgens contact opnemen met een aantal andere vrouwen die destijds ook werden ontvoerd (zie de aflevering Nisei uit het derde seizoen). De agenten moeten echter vaststellen dat bijna al deze vrouwen inmiddels zijn overleden aan kanker.

Mulder is in eerste instantie zelfs bereid om te onderhandelen met de Cigarette-Smoking Man, in de hoop het leven van Scully te kunnen redden. Skinner overtuigt Mulder ervan dat dit geen goed idee is. Wat Mulder niet weet: later sluit Skinner zelf wel een deal met de Cigarette-Smoking Man om Scully te redden.

Aflevering 15: Kaddish

In New York wordt Isaac Luria, een Joodse man, vermoord door drie jonge neonazi’s. Kort na de begrafenis wordt één van de daders zelf ook vermoord. Vreemd genoeg lijken alle bewijzen naar Isaac te wijzen. Hierdoor ontstaat het vermoeden dat hij uit de dood is opgestaan om wraak te nemen op zijn moordenaars.

Aflevering 16: Unrequited

Een hoge militair wordt door een onbekende dader doodgeschoten. Mulder en Scully onderzoeken deze zaak en komen een onzichtbare schutter op het spoor. Er blijkt een verbinding te zijn met Amerikaanse krijgsgevangenen die door het leger werden achtergelaten in Vietnam.

Aflevering 17: Tempus Fugit **

Max Fenig, een oude bekende van Mulder, komt om het leven bij een vliegtuig crash in de staat New York. Al snel blijkt dat het vliegtuig in de lucht in aanraking kwam met een UFO. Mulder is ervan overtuigd dat de aliens kwamen om Max te ontvoeren. Ondertussen duikt er een mysterieuze man in black op die allerlei bewijzen begint te vernietigen. Voor Mulder en Scully begint een race tegen de klok om alsnog de waarheid boven water te krijgen.

Aflevering 18: Max **

Mulder en Scully gaan door met hun onderzoek naar het neergestorte vliegtuig. Ze worden echter op alle fronten tegengewerkt door het leger. De autoriteiten willen de hele zaak zo snel mogelijk in de doofpot stoppen. Ondertussen raakt Mulder er steeds meer van overtuigd dat het leger verantwoordelijk is voor de crash. Het leger wilde namelijk een UFO neerschieten, maar hierdoor stortte per ongeluk ook het vliegtuig neer.

Aflevering 19: Synchrony

Twee jonge wetenschappers, Jason Nichols en Lucas Menand, worden op straat aangesproken door een oudere man. Die beweert dat één van hen dezelfde dag nog om het leven zal komen. Deze voorspelling blijkt te kloppen, want Lucas wordt even later doodgereden door een bus. Mulder en Scully onderzoeken deze zaak. De agenten ontdekken al snel dat ze te maken hebben met een tijdreiziger uit de toekomst. Een oudere Jason probeert namelijk het verleden te veranderen.

Aflevering 20: Small Potatoes

In West Virginia worden een aantal bijzondere baby's geboren. Ze hebben namelijk een staart! Alle moeders blijken een vruchtbaarheidskliniek te hebben bezocht om zwanger te worden. Verder blijken alle baby's ook dezelfde vader te hebben.

Mulder en Scully komen al snel Eddie Van Blundht op het spoor. Die werkt niet alleen in de kliniek als schoonmaker, maar blijkt bovendien ook moeiteloos van gedaante te kunnen veranderen. De problemen beginnen pas echt wanneer Eddie ongemerkt de identiteit van Mulder aanneemt en probeert Scully te verleiden.

Aflevering 21: Zero Sum **

In de aflevering Memento Mori bleek Scully kanker te hebben. Skinner sloot destijds een geheime deal met de Cigarette Smoking Man, in de hoop het leven van Scully te kunnen redden. Nu wordt Skinner geconfronteerd met de gevolgen van deze deal. Hij moet namelijk bewijsmateriaal in een moordzaak laten verdwijnen. Skinner krijgt al snel last van zijn geweten, maar hij kan niet anders dan zich aan de deal houden.

Aflevering 22: Elegy

Mulder en Scully onderzoeken een reeks vreemde sterfgevallen. Opvallend is dat de overledenen elders als geestverschijningen door getuigen worden waargenomen. Deze mensen komen later ook zelf om het leven. Het onderzoek leidt Mulder en Scully vervolgens naar een psychiatrische inrichting. De autistische Harold valt al snel op als mogelijke verdachte.

Aflevering 23: Demons

Mulder wordt alleen wakker in een hotelkamer. Hij zit onder het bloed, maar kan zich niet herinneren aan wat er is voorgevallen. Al snel wordt echter duidelijk dat er met zijn wapen twee mensen zijn gedood. Ondertussen krijgt Mulder, inmiddels hoofdverdachte in deze zaak, allerlei flashbacks naar zijn jeugd. Zo blijkt hij als kind gezien te hebben dat de Cigarette-Smoking Man ruzie maakte met zijn ouders, Bill en Teena Mulder, voorafgaand aan de ontvoering van Samantha.

Aflevering 24: Gethsemane **

In Canada wordt boven op een berg het bevroren lichaam van een buitenaards wezen gevonden door een wetenschappelijke expeditie. Al snel wordt duidelijk dat iemand dit in de doofpot wil stoppen. Alle expeditieleden worden namelijk vermoord. Later is ook de alien spoorloos verdwenen.

Mulder en Scully maken vervolgens kennis met ene Michael Kritschgau, die voor het Amerikaanse ministerie van Defensie werkt. Hij beweert dat Mulder het slachtoffer is geworden van een complot om de ware activiteiten van de militaire industrie te verbergen. Aliens zouden in werkelijkheid helemaal niet bestaan. Ook de ontvoering van Samantha zou in scène zijn gezet. Mulder is geschokt door deze onthulling en pleegt zelfmoord.

Aflevering 1: Redux **

Mulder blijkt zijn zelfmoord te hebben geënsceneerd. Ook Scully is bij dit plan betrokken. Nu de autoriteiten denken dat Mulder dood is, heeft hij meer vrijheid om zijn zoektocht naar de waarheid voort te zetten. Mulder besluit in te breken bij het Ministerie van Defensie. Daar ontdekt hij o.a. lichamen van nep-aliens en vele andere bewijzen.

Aflevering 2: Redux II **

Het gaat erg slecht met Scully. Mulder bezoekt haar in het ziekenhuis, waarna de FBI zich realiseert dat hij nog leeft. Ondertussen duikt de Cigarette-Smoking Man op, die beweert dat Scully kan worden gered door middel van een bijzondere chip. Hoewel haar familie hiertegen is, besluit Scully deze microchip in haar lichaam te laten implanteren.

Vervolgens regelt de Cigarette-Smoking Man een ontmoeting tussen Mulder en een vrouw die zijn vermiste zus zou zijn. Deze Samantha zegt zich niets te kunnen herinneren van haar ontvoering als kind. De volgende dag krijgt Mulder een verleidelijk aanbod. Als hij ontslag neemt bij de FBI en voor de Cigarette-Smoking Man komt werken, dan zal hij de hele waarheid te horen krijgen. Mulder weigert echter.

Aflevering 3: Unusual Suspects

In deze aflevering staan The Lone Gunmen centraal. In een flashback wordt aan de kijker onthuld hoe Byers, Frohike en Langly elkaar in 1989 hebben ontmoet. Tijdens een elektronica beurs in Baltimore komen de mannen voor het eerst met elkaar in contact. Ze ontmoeten daar een vrouw, ene Holly, die beweert dat haar dochter zou zijn ontvoerd. Haar naam zou Susanne Modeski zijn.

Byers, Frohike en Langly besluiten Holly te helpen. De mannen realiseren zich echter al snel dat niets is zoals het lijkt. Vooral wanneer er ook een FBI agent genaamd Mulder opduikt. Bovendien komt het drietal een complot van de Amerikaanse regering op het spoor.

Aflevering 4: Detour

Mulder en Scully zijn met een aantal collega’s op weg naar een FBI seminar. Mulder heeft hier eigenlijk weinig zin in en is daarom ook erg blij als hij onderweg betrokken raakt bij een X-File. In het noorden van Florida blijkt namelijk een mysterieus, onzichtbaar wezen met rode ogen rond te zwerven. Meerdere mensen, die in het bos door dit wezen zijn aangevallen, worden vermist.

Aflevering 5: The Post-Modern Prometheus

Mulder ontvangt een brief van een vrouw die hem om hulp vraagt. Achttien jaar geleden zou deze vrouw op mysterieuze wijze zwanger zijn geraakt. Nu is ze weer zwanger. De vader van de kinderen zou een monster zijn dat de Great Mutato wordt genoemd.

Vervolgens reizen Mulder en Scully naar de staat Indiana om de zaak te onderzoeken. Ze vermoeden al snel dat de Mutato lang geleden werd gecreëerd door de wetenschapper Dr. Pollidori. Dit blijkt een soort moderne Victor Frankenstein te zijn.

Aflevering 6: Christmas Carol **

In San Diego lijkt ene Roberta Sim zelfmoord te hebben gepleegd. De dode vrouw had een dochtertje, Emily. Het meisje lijkt verdacht veel op Scully’s overleden zus Melissa. Scully denkt nu dat Melissa voor haar dood in het geheim een kind kreeg en de baby hierna liet adopteren. Na verloop van tijd wordt duidelijk dat Roberta Sim in werkelijkheid werd vermoord. Vervolgens krijgt Scully te maken met een grote verrassing. Uit een DNA test blijkt namelijk niet Melissa, maar Scully zelf de biologische moeder van Emily te zijn.

Aflevering 7: Emily **

Scully blijkt een dochtertje te hebben: Emily. Mulder ontdekt dat Emily werd gecreëerd met behulp van Scully’s eicellen, die tijdens haar ontvoering werden verwijderd. Vervolgens werd een draagmoeder gebruikt.

Al snel blijkt het kind ernstig ziek te zijn. Bovendien heeft ze buitenaardse genen, wat erop wijst ze in werkelijkheid een menselijke-buitenaardse hybride is. Uiteindelijk sterft Emily. Dit tot groot verdriet van Scully, die haar wilde adopteren. Naderhand blijken alle bewijzen van Emily’s bestaan, inclusief haar lichaampje, spoorloos te zijn verdwenen.

Aflevering 8: Kitsunegari

Robert Patrick Modell (uit de aflevering Pusher) ontsnapt uit de gevangenis. Mulder en Scully zetten meteen de achtervolging in. Ze ontdekken dat Modell een tweelingzus heeft, Linda, die dezelfde gevaarlijke krachten heeft als haar broer.

Aflevering 9: Schizogeny

In Michigan wordt een tiener verdacht van de mysterieuze moord op zijn stiefvader. Mulder denkt echter dat de jongen onschuldig is en raakt er al snel van overtuigd dat er in werkelijkheid een duistere kracht in het dorp rondwaart.

Aflevering 10: Chinga

In Maine woont de vijf jarige Polly. Het meisje heeft een enge pop, Chinga. Deze pop blijkt te worden bezeten door een duistere kracht. Scully viert toevallig haar vakantie in Maine. Ze raakt samen met de lokale politie betrokken bij een reeks gewelddadige moorden. Al snel vallen Polly en haar mysterieuze moeder op als mogelijke verdachten.

Aflevering 11: Kill Switch

Enige tijd geleden heeft Donald Gelman een nieuwe kunstmatige intelligentie gecreëerd. Vervolgens ging het geavanceerde systeem echter een eigen leven leiden. Daarom wilde Gelman een Kill Switch programmeren, een virus dat de kunstmatige intelligentie zou kunnen platleggen.

Helaas ontdekte de computer dat zijn maker hem wilde vernietigen en liet Gelman doden. Het is nu aan Mulder en Scully om het gevaarlijke systeem alsnog te stoppen.

Aflevering 12: Bad Blood

Mulder brengt een tiener om het leven, waarvan hij denkt dat het een vampier is. Wanneer de agenten hiervoor bij Skinner op het matje worden geroepen, blijkt Scully echter een totaal andere versie van het verhaal te hebben. Vanuit Mulders perspectief is het overduidelijk dat de dode daadwerkelijk een gevaarlijke vampier was, maar Scully blijft volhouden dat zij niets heeft gezien wat in die richting wijst.

Opmerking: een luchtige aflevering, waarin we Mulder en Scully eens totaal anders zien. Het is aan de kijker om te beslissen welke versie van het verhaal geloofwaardiger is.

Aflevering 13: Patient X **

Mulder en Scully maken kennis met Cassandra Spender, moeder van een collega FBI agent. Cassandra beweert al vele keren door aliens te zijn ontvoerd. Opvallend is dat de vrouw er van overtuigd is dat de aliens goede bedoelingen hebben. Haar zoon Jeffrey moet van al deze verhalen over aliens echter niets van hebben. Ondertussen sluit Scully vriendschap met Cassandra, omdat beiden dezelfde dingen hebben meegemaakt.

Opmerking: de FBI agent Jeffrey Spender wordt geïntroduceerd. Hij zal later nog een belangrijke rol in de serie gaan spelen.

Aflevering 14: The Red and the Black **

Cassandra Spender is spoorloos verdwenen: ze is opnieuw ontvoerd. Haar zoon Jeffrey wil zijn moeder koste wat kost terugvinden, maar dit blijft uiteindelijk zonder resultaat. Ondertussen werkt het Syndicaat aan een vaccinatie tegen de buitenaardse zwarte olie. Ze komen echter onder flinke tijdsdruk te staan wanneer er buitenaardse rebellen opduiken.

Aflevering 15: Travelers

Deze aflevering is een flashback naar het verleden. In 1990 zoekt een nog jonge Mulder contact met Arthur Dales, een gepensioneerd FBI agent. Dales vertelt vervolgens over een mysterieuze zaak waarmee hij in de jaren 50 als jonge agent te maken had. Tijdens dat onderzoek ontmoette hij Bill, de vader van Mulder.

Aflevering 16: Mind's Eye

Mulder en Scully onderzoeken een mysterieuze moord. De dader zou een blinde vrouw zijn, Marty Glenn. Mulder vermoedt al snel dat Marty een soort innerlijk oog heeft waarmee ze toch kan zien. Ze blijkt inderdaad mysterieuze visioenen te hebben.

Aflevering 17: All Souls

Een pater vraagt Scully om hulp. Hij worstelt namelijk met een onverklaarbare zaak. Een gehandicapt meisje, Dara, is op mysterieuze wijze om het leven gekomen. Haar adoptie vader denkt op hetzelfde moment de duivel te hebben gezien. Dara blijkt deel van een vierling te zijn geweest. Twee van haar zussen komen even later ook op mysterieuze wijze om het leven. Ondertussen krijgt Scully een visioen van haar overleden dochtertje Emily.

Aflevering 18: The Pine Bluff Variant

De FBI jaagt op Jacob Haley, die lid is van een extreemrechtse groepering. Haley weet echter te ontkomen, waarna Scully begint te vermoeden dat er opzet in het spel is. Vervolgens blijkt Mulder de opdracht te hebben gekregen om bij de groep te infiltreren. De leider van de groep, August Bremer, heeft ondertussen een biologisch wapen in handen gekregen waarmee hij veel slachtoffers wil maken. Scully ontdekt dat dit wapen zelf werd gecreëerd door de Amerikaanse regering.

Aflevering 19: Folie à Deux

Mulder en Scully krijgen te maken met een verwarde man, Gary Lambert, die er van overtuigd is dat zijn baas Greg Pincus een monster is. Om zijn gelijk te bewijzen gijzelt de zwaar bewapende Gary al zijn collega’s. Wanneer Gary vervolgens door de FBI wordt doodgeschoten, realiseert Mulder zich - te laat - dat Gary gelijk had. Greg Pincus is inderdaad een insect-achtig monster, maar niemand anders lijkt dit te kunnen zien.

Helaas wordt Mulder door niemand geloofd. Uiteindelijk wordt hij zelfs opgesloten in een psychiatrische inrichting.

Aflevering 20: The End **

Tijdens een schaaktoernooi ontsnapt het wonderkind Gibson Praise op behendige wijze aan een aanslag. Mulder ontdekt al snel dat Gibson gedachten kan lezen. Helaas geeft de FBI de leiding over het onderzoek aan agent Jeffrey Spender, die niets van Mulder en diens theorieën moet hebben.

Ondertussen blijkt ook de Cigarette-Smoking Man interesse in Gibson te hebben. De jongen heeft namelijk bijzondere genen, waardoor hij buitengewone gaven heeft. Mulder begint na verloop van tijd te vermoeden dat Spender in het geheim samenwerkt met de Cigarette-Smoking Man. Wat niemand weet: Spender is in werkelijkheid de zoon van de Cigarette-Smoking Man.

Uiteindelijk gaat Mulders levenswerk verloren. Gibson wordt ontvoerd door het Syndicaat en de X-Files worden in opdracht van Justitie gesloten.

Opmerking: deze aflevering introduceert twee nieuwe personages, Gibson Praise en de FBI agente Diana Fowley.

Aflevering 1: The Beginning **

Opmerking: deze aflevering is een vervolg op de bioscoopfilm The X-Files: Fight the Future.

In Arizona wordt een wetenschapper blootgesteld aan de buitenaardse zwarte olie. Vervolgens begint er in zijn lichaam een alien te groeien. Wanneer de alien is volgroeid, sterft de wetenschapper. Hierna vlucht de alien.

Na de gebeurtenissen in de film heeft de FBI de X-Files weer heropend. Helaas blijken de X-Files nu te zijn toegewezen aan de agenten Jeffrey Spender en Diana Fowley. Mulder en Scully mogen er zich officieel niet meer mee bemoeien. Toch besluiten Mulder en Scully in het geheim af te reizen naar Arizona voor een eigen onderzoek. Ondertussen blijkt ook het Syndicaat jacht te maken op de alien.

Aflevering 2: Drive

Mulder wordt gegijzeld door Patrick Crump, een man die op de vlucht is voor de politie. Crump heeft veel pijn, hoewel de oorzaak hiervan in eerste instantie onduidelijk is. De enige manier om zijn mysterieuze pijn te verlichten lijkt snelheid in westelijke richting te zijn. Daarom begint Mulder met hoge snelheid naar de westkust te rijden, met de gewapende Crump op de achterbank.

Aflevering 3: Triangle

In 1939 verdween het luxe passagiersschip Queen Anne spoorloos in de Bermuda Driehoek. Wanneer het schip in het heden plotseling weer op de radar opduikt, reist Mulder meteen naar de Bermuda Driehoek om onderzoek te doen.

Eenmaal op de Queen Anne ontdekt Mulder tot zijn verbazing dat hij in het verleden is terecht gekomen. Het is september 1939 en een groep Nazi’s staat op het punt om aan boord de controle over te nemen. Ondertussen blijken zich op het schip ook vele bekende gezichten te bevinden. Zal het Mulder lukken om naar zijn eigen tijd terug te keren?

Aflevering 4: Dreamland

Na een anonieme tip te hebben ontvangen reizen Mulder en Scully naar Area 51. Daar worden ze tegengehouden door een aantal geheim agenten. Precies op dat moment vliegt er een experimenteel vliegtuigje over. Op mysterieuze wijze ontstaat er vervolgens een soort lichtgolf. Hierdoor wisselen Mulder en één van de geheim agenten van lichaam.

Mulder gaat vanaf nu door het leven als Morris Fletcher, die behalve een stressvolle baan ook een neurotische vrouw en twee irritante pubers heeft. De arrogante Morris, die nu Mulders leven leidt, is ondertussen blij van zijn gezin af te zijn en zet meteen flink de bloemetjes buiten. Het duurt niet lang voordat Scully begint te merken dat er iets vreemds aan de hand is met haar 'partner'.

Aflevering 5: Dreamland, deel II

Mulder, die nog steeds vastzit in het lichaam van Morris Fletcher, probeert Scully ervan te overtuigen dat hij de echte Mulder is. Scully gelooft hier in eerste instantie natuurlijk niets van. Toch kan ze niet ontkennen dat er iets grondig mis is met de man waarvan zij denkt dat hij ‘Mulder’ is.

Ondertussen doet Morris, die nog steeds het lichaam van Mulder heeft, er alles aan om zijn nieuwe fijne leven niet kwijt te raken. Hij probeert zelfs Scully te verleiden. Verder is het nog maar de vraag of er überhaupt wel een methode bestaat om de lichaamsverwisseling ongedaan te maken.

Aflevering 6: How the Ghosts Stole Christmas

Het is kerstavond. Mulder neemt Scully mee naar een oud leegstaand huis. Op kerstavond 1917 stapte een jong stelletje hier samen uit het leven. Nu zou het in het huis spoken, hoewel Scully hier natuurlijk niets van gelooft.

Eenmaal in het huis beginnen er meteen vreemde dingen te gebeuren. Bovendien duikt er ineens een mysterieus ouder echtpaar op, dat beweert in het huis te wonen. Wanneer Mulder en Scully ook nog twee skeletten vinden en daarna van elkaar gescheiden raken, wordt al snel duidelijk dat hun levens groot gevaar lopen.

Aflevering 7: Terms of Endearment

De zwangere Laura heeft 's nachts een nachtmerrie waarin haar ongeboren kind door een demon wordt gestolen uit haar baarmoeder. De volgende morgen blijkt ze een mysterieuze miskraam te hebben gehad. Haar broer, de lokale sheriff, meldt dit voorval vervolgens bij de FBI.

Agent Jeffrey Spender vindt dit echter geen X-File. Daarom besluiten Mulder en Scully zelf maar op onderzoek uit te gaan. Al snel wordt duidelijk dat de vader van het kind een dubbelleven leidt. In werkelijkheid is Laura’s echtgenoot Wayne namelijk een demon.

Aflevering 8: The Rain King

Mulder en Scully reizen naar Kansas om onderzoek te doen naar ene Daryl Mootz. Deze man beweert het weer te kunnen controleren en heeft van zijn dorpsgenoten ook de bijnaam ‘Regenkoning’ gekregen. Scully gelooft hier niets van uiteraard, maar is er samen met Mulder toch getuige van hoe Daryl na het opvoeren van een 'dans' inderdaad regen kan opwekken.

Al snel wordt duidelijk dat er meer aan de hand is. Niet het weer, maar juist een onbeantwoorde liefde blijkt namelijk voor veel problemen te zorgen.

Aflevering 9: S.R. 819 **

FBI directeur Walter Skinner wordt plotseling ernstig ziek. De oorzaak hiervan is echter onduidelijk. Mulder en Scully gaan vervolgens op onderzoek uit in een poging het leven van hun baas te redden. Uiteindelijk blijkt Alex Krycek de schuldige te zijn. Hij maakt namelijk gebruikt van nano technologie om Skinner te chanteren.

Aflevering 10: Tithonus

Scully krijgt van de FBI een laatste kans om zichzelf te bewijzen. Dit keer nadrukkelijk zonder Mulder, want Scully krijgt een nieuwe partner toegewezen: ene Agent Ritter. Samen moeten ze in New York onderzoek doen naar een verdachte politiefotograaf, Alfred Fellig, die steeds als eerste op de plaats delict aanwezig is, lang voordat de politie is gearriveerd.

Scully ontdekt dat de fotograaf geobsedeerd is door de dood en al snel blijkt ook waarom. De man is namelijk al zo'n 150 jaar oud, maar kan niet sterven. Agent Ritter wil hier echter niets van geloven en denkt dat Scully zich te veel heeft laten beïnvloeden door Mulder.

Aflevering 11: Two Fathers **

De moeder van FBI agent Jeffrey Spender, Cassandra, wordt al een jaar vermist. Op een dag duikt ze plotseling weer op. Cassandra blijkt nu een menselijke-buitenaardse hybride te zijn geworden. Tegenover Mulder en Scully onthult Cassandra dat de aliens van plan zijn om al het menselijke leven op aarde uit te roeien. Ondertussen duiken er echter ook buitenaardse rebellen op. Dit is een soort contra groepering van aliens die de kolonisatie van de aarde juist willen voorkomen. Dit doen ze door iedereen die bij de samenzwering betrokken is te doden.

Verder ontdekken Mulder en Scully de waarheid over de Cigarette Smoking Man. Hij is namelijk de vader van Jeffrey Spender en de ex-man van Cassandra.

De Cigarette Smoking Man probeert zijn zoon te rekruteren voor het Syndicaat. Jeffrey heeft hier grote moeite mee. Hij krijgt van zijn vader ook de opdracht om één van de buitenaardse rebellen te doden, maar dit lukt hem niet.

Aflevering 12: One Son **

De Cigarette Smoking Man onthult eindelijk de waarheid over de komende buitenaardse invasie aan Mulder. Vele jaren geleden besloot het Syndicaat samen te werken met de aliens, in de hoop zelf te zullen worden gespaard. Mulders vader Bill was hier op tegen. Diens medewerking werd later alsnog afgedwongen door zijn dochter Samantha te laten ontvoeren. In het geheim begon men hierna te werken aan de creatie van menselijke-buitenaardse hybriden, die de invasie als enigste kunnen overleven. Nu men er in geslaagd is om een inderdaad een hybride te creëren, zal de buitenaardse invasie naar verwachting binnenkort plaatsvinden.

Zo ver komt het echter niet. Aan het einde van de aflevering worden bijna het hele Syndicaat, hun gezinnen en ook Cassandra vermoord door de buitenaardse rebellen. De invasie is hierdoor (voorlopig) van de baan.

De Cigarette Smoking Man overleeft de slachtpartij. Hierna zoekt hij zijn zoon Jeffrey op, maar hij is duidelijk erg teleurgesteld in zijn zoon. De Cigarette Smoking Man heeft namelijk meer bewondering voor de vasthoudendheid van Mulder, dan voor de slappe houding van Jeffrey. Daarom wordt Jeffrey neergeschoten door zijn eigen vader en voor dood achtergelaten. Hierdoor krijgen Mulder en Scully de X-Files weer terug.

Aflevering 13: Agua Mala

Een dorpje in Florida wordt geteisterd door een orkaan. Tijdens de storm worden een moeder en haar kind thuis aangevallen door een mysterieus wezen. In hetzelfde appartementencomplex komen vervolgens meerdere mensen om het leven. Na een tip over deze zaak te hebben ontvangen, reizen Mulder en Scully af naar Florida voor een onderzoek. Mulder realiseert zich al snel dat een gevaarlijk wezen uit de oceaan door de orkaan aan land is terecht gekomen.

Aflevering 14: Monday

Op een maandagmorgen gaat Mulder naar de bank om geld te halen. Ineens trekt een man genaamd Bernard zijn wapen om een overval te plegen. Mulder probeert in te grijpen, maar wordt neergeschoten. Wanneer Scully op dat moment de bank binnen komt, loopt de situatie volledig uit de hand. Bernard blijkt namelijk ook een bom bij zich te hebben. Hij laat de bom afgaan en door de explosie komt iedereen in de bank om het leven. Ook Mulder en Scully sterven.

Vanaf dat moment herhalen de gebeurtenissen van deze dag zich steeds weer opnieuw. Elke dag eindigt hetzelfde: iedereen sterft. Slechts één persoon is zich van dit alles bewust: Pam, de vriendin van Bernard. Zal het haar lukken om de dodelijke lus te doorbreken?

Aflevering 15: Arcadia

Mulder en Scully gaan undercover als een getrouwd stel om een aantal mysterieuze verdwijningen in een chique woonwijk te onderzoeken. Daar blijken de bewoners geobsedeerd te zijn door het volgen van allerlei extreem strikte regels.

Mulder raakt er al snel van overtuigd dat er een wezen rondwaart dat buurtbewoners, die de regels overtreden, vermoordt. Scully gelooft hier natuurlijk helemaal niets van. Mulder besluit zijn theorie te testen door zijn buren op allerlei manieren met opzet te irriteren. Hierdoor brengt hij zichzelf en Scully echter in groot gevaar.

Aflevering 16: Alpha

Verschillende mensen worden aangevallen door een mysterieus dier. Mulder en Scully komen vervolgens een gevaarlijke Aziatische hond op het spoor, die officieel allang zou zijn uitgestorven. Het beest heeft rood gloeiende ogen en is net zo intelligent als een mens. Maar niets is zoals het lijkt.

Aflevering 17: Trevor

Een gevangenenkamp in Mississippi wordt getroffen door een tornado. Naderhand blijkt één van de gevangenen tijdens de storm te zijn ontsnapt, terwijl een bewaker op mysterieuze wijze om het leven is gekomen. Mulder en Scully gaan op zoek naar de ontsnapte gevangene en ontdekken dat hij een bijzondere kracht heeft. De man, Pinker, kan zich namelijk moeiteloos door solide objecten heen bewegen, zoals muren en metaal.

Aflevering 18: Milagro

Mulder heeft een nieuwe buurman: Phillip Padgett, een schrijver. Ondertussen onderzoeken Mulder en Scully een aantal bizarre moordzaken waarbij het hart van de slachtoffers werd verwijderd. Al snel blijkt dat Padgett deze moorden gedetailleerd beschrijft in zijn nieuwe manuscript. Bovendien lijkt hij de toekomst te kunnen beschrijven. Helaas raakt Padgett na een tijdje geobsedeerd door Scully. In de laatste pagina's van zijn manuscript schrijft hij zelfs dat Scully vermoord zal worden.

Aflevering 19: The Unnatural

In flashbacks wordt het verhaal verteld van de bijzondere Josh Exley. Hij was in 1947 een getalenteerde baseball speler. Exley was echter ook Afro-Afrikaans, waardoor hij regelmatig bedreigingen ontving. Op een dag krijgt de politieagent Arthur Dales de opdracht om de beveiliging van Exley op zich te nemen. Na een tijdje doet Dales een ontdekking die zijn leven voorgoed zal veranderen. Exley blijkt in werkelijkheid namelijk een alien te zijn.

Aflevering 20: Three of a Kind

Deze aflevering is een vervolg op Unusual Suspects uit het vijfde seizoen. Opnieuw staan de Lone Gunmen centraal.

In Las Vegas komen de mannen weer in contact met Susanne Modeski. Hoewel hun laatste ontmoeting tien jaar geleden is, blijkt Byers nog steeds verliefd op haar te zijn. De groep komt samen een nieuwe samenzwering op het spoor. Dit keer gaat het om een nieuw soort drugs, dat door de regering wordt gebruikt als hersenspoeling.

Aflevering 21: Field Trip

Mulder en Scully onderzoeken de mysterieuze dood van een jong stel. Na een wandeling werden alleen hun skeletten terug gevonden. Verder wordt een vreemde gele substantie ontdekt. De agenten hebben echter niet in de gaten dat deze gevaarlijke substantie allerlei hallucinaties veroorzaakt.

Aflevering 22: Biogenesis **

Een Afrikaanse professor ontdekt een mysterieus artefact van buitenaardse afkomst. Vervolgens wordt de professor vermoord. Mulder en Scully krijgen de opdracht om deze zaak te onderzoeken. Na in contact te zijn gekomen met een afdruk van het artefact wordt Mulder ineens ziek. Hij ontwikkelt telepathische gaven, wat gepaard gaat met grote hoofdpijn.

Ondertussen blijken er op het artefact mysterieuze inscripties te staan, die geschreven zijn in de taal van de Navajo indianen. Mulder ziet hierin het bewijs dat al het leven op aarde eigenlijk van buitenaardse oorsprong is. Scully weigert dit uiteraard te geloven. Uiteindelijk reist Scully zelf naar Afrika. Hier ontdekt ze het wrak van een gigantisch buitenaards ruimteschip.

Aflevering 1: The Sixth Extinction **

Mulder heeft last van waanideeën en zit opgesloten in een isoleercel in het ziekenhuis. Skinner ontdekt dat Mulder nu over buitenaardse mentale krachten beschikt. Door zijn nieuwe gave komt Mulder erachter dat Diana Fowley geheime contacten heeft met de Cigarette Smoking Man.

Ondertussen onderzoekt Scully aan de Afrikaanse kust het wrak van een buitenaards ruimteschip. Ze krijgt te maken met een aantal moeilijk verklaarbare gebeurtenissen, zoals een plotselinge insectenplaag en bloedrood zeewater. Ook komen dode vissen weer tot leven. Uiteindelijk is het buitenaardse schip ineens verdwenen.

Aflevering 2: The Sixth Extinction II: Amor Fati **

De Cigarette-Smoking Man bezoekt Mulder in het ziekenhuis. Hij onthult de biologische vader van Mulder te zijn en ontvoert hem. Vervolgens wordt Mulder naar een geheime locatie gebracht.

Ondertussen is Scully teruggekeerd naar de VS. Wanneer ze hoort dat Mulder op mysterieuze wijze uit het ziekenhuis is verdwenen, gaat Scully meteen naar hem op zoek. Ze vraagt Diana Fowley om hulp, omdat die zoals bekend samenwerkt met de Cigarette-Smoking Man.

De toestand van Mulder blijkt inmiddels kritiek te zijn. Hij komt namelijk in een coma terecht, waarin hij een angstaanjagende droom beleefd.

De Cigarette-Smoking Man biedt hem in deze droom een nieuw leven aan. Mulder trouwt hierna met Diana Fowley en ze krijgen samen kinderen. Ook Mulders zus Samantha blijkt in de droom nog te leven. Alles lijkt perfect, totdat de aarde op een dag wordt vernietigd door aliens.

In werkelijkheid kan Mulder uiteindelijk door Scully worden gered, waarna hij uit zijn coma ontwaakt. Naderhand wordt duidelijk dat Diana Fowley een hoge prijs voor haar hulp heeft moeten betalen: ze wordt dood teruggevonden.

Aflevering 3: Hungry

Deze aflevering wordt verteld vanuit het perspectief van Rob Roberts, een gemuteerde moordenaar die voor een fastfoodketen werkt. Hij heeft een bijzondere soort honger die maar niet gestild kan worden. Rob eet namelijk de hersenen van zijn slachtoffers.

Aflevering 4: Millennium

Crossover met de zusterserie Millennium.

In Florida pleegt een voormalige FBI agent zelfmoord. Een week na de begrafenis is het lijk van de man echter spoorloos verdwenen. Mulder en Scully gaan op onderzoek uit. De overledene blijkt lid te zijn geweest van de mysterieuze Millennium Group. De beiden agenten roepen daarom de hulp in van Frank Black. Deze voormalige FBI agent was zelf ook ooit lid van de Millennium Group.

In eerste instantie weigert Frank de FBI in deze zaak te helpen, maar even later gaat hij toch akkoord. Hij onthult dat sommige Millennium leden geloven dat zij het einde der tijden nabij kunnen brengen door zelfmoord te plegen. Kort na hun dood herrijzen ze echter als gevaarlijke zombies.

Aflevering 5: Rush

In Virginia komt een politieagent op mysterieuze wijze om het leven. Later wordt ook een leraar van de plaatselijke middelbare school vermoord. Mulder en Scully beginnen een onderzoek en ontdekken dat de tiener Max over gevaarlijke krachten beschikt. Hij kan zich namelijk sneller voortbewegen dan het menselijke oog kan waarnemen. Max gebruikt deze gave om mensen te vermoorden.

Aflevering 6: The Goldberg Variation

Henry Weems heeft onwaarschijnlijk veel geluk in zijn leven. Eerst wint hij moeiteloos $100,000 tijdens het pokeren. Vervolgens wordt hij vanaf de 29ste verdieping uit een gebouw gegooid, maar Henry overleeft dit zonder enige verwonding. Jaren geleden blijkt hij ook de enige overlevende te zijn geweest van een vliegtuigongeluk. Het is echter nog maar de vraag of het geluk van Henry hem ook kan redden voor de maffia. De gangster Jimmy Cutrona wil hem namelijk vermoorden.

Aflevering 7: Orison

Deze aflevering is een vervolg op Irresistible uit het tweede seizoen. Destijds werd Scully ontvoerd door de gestoorde moordenaar Donnie Pfaster. Nu blijkt Pfaster te zijn ontsnapt uit de gevangenis. Mulder en Scully zetten uiteraard meteen de achtervolging in. Al snel wordt duidelijk dat Pfaster contact had met een geestelijke genaamd Orison, die zelf ook lange tijd in de gevangenis heeft gezeten. Bovendien heeft deze Orison een bijzondere gave.

Aflevering 8: The Amazing Maleeni

De goochelaar 'Amazing Maleeni' voert op een kermis een spectaculaire truc uit: hij draait zijn hoofd 360 graden in de rondte. Vlak na de voorstelling wordt Maleeni echter dood aangetroffen: onthoofd. Mulder en Scully onderzoeken de zaak en ontdekken dat Maleeni grote schulden had. De agenten maken vervolgens kennis met de gehandicapte tweelingbroer van de overleden goochelaar. Maar niets is zoals het lijkt.

Aflevering 9: Signs and Wonders

Mulder en Scully doen onderzoek naar de "Church of God with Signs and Wonders". De volgelingen van deze kerk geloven dat alle teksten in de bijbel letterlijk moeten worden opgevat. Ook worden er tijdens de diensten levende slangen gebruikt. Dat laatste zorgt nu voor grote problemen. Meerdere mensen worden namelijk op mysterieuze wijze gedood door slangen.

Aflevering 10: Sein und Zeit **

Mulder raakt betrokken bij de zoektocht naar een vermist meisje, Amber Lynn. Scully is al snel bezorgd dat Mulder zich in deze zaak te veel door zijn emoties laat leiden. Hij heeft de verdwijning van zijn eigen zusje Samantha immers nooit verwerkt.

Ondertussen wordt Teena, de moeder van Mulder, dood in haar huis gevonden. Mulder denkt meteen dat zijn moeder werd vermoord, maar uit een autopsie blijkt dat ze zelf uit het leven is gestapt.

Aflevering 11: Closure **

Toen Mulder 12 jaar oud was, werd zijn zusje Samantha ontvoerd. Ze werd nooit meer terug gevonden. Dit mysterie veranderde Mulders leven voorgoed. In deze aflevering worden eindelijk enkele antwoorden gegeven, waarmee de verhaallijn rond Samantha wordt afgerond.

Mulder wordt op een dag benaderd door Harold Piller, een helderziende, die beweert visioenen te hebben over Samantha. Terwijl Mulder met Piller op pad gaat, doet ook Scully nieuwe ontdekkingen over Samantha. Het meisje kwam na haar buitenaardse ontvoering terecht bij de Cigarette-Smoking Man op een militaire basis. Ze moest vervolgens allerlei gruwelijke experimenten ondergaan - totdat ze op een dag in het niets was verdwenen.

Volgens Piller werden kinderen als Samantha gered door "walk-ins", bijzondere lichtwezens die kinderen meenemen om hen te behoeden voor een gruwelijk lot. Mulder begint hierdoor te accepteren dat Samantha lang geleden is overleden en dat haar ziel nu op een betere plaats is. Eindelijk kan Mulder het verleden afsluiten.

Aflevering 12: X-Cops

Deze aflevering vormt een (fictieve) crossover tussen The X-Files en het (echt bestaande) Amerikaanse reality programma Cops, waarin politieagenten tijdens hun werk door een cameraploeg worden gevolgd.

In een achterbuurt van Los Angeles loopt 's nachts een weerwolf rond. Mulder en Scully worden tijdens hun onderzoek gevolgd door een cameraploeg, "omdat de FBI niets te verbergen heeft". Mulder vindt het allemaal prachtig, maar Scully moet niets hebben van deze publiciteit. Al snel wordt duidelijk dat het niet om een weerwolf gaat, maar om een mysterieus wezen dat van gedaante kan veranderen. De grootste angsten van diens slachtoffers worden nu werkelijkheid.

Aflevering 13: First Person Shooter

Een bedrijf in Californië heeft een futuristisch virtual reality spel ontworpen. Op een dag gebeurt er echter iets vreemds: een speler komt tijdens het gamen op bizarre wijze om het leven. Mulder en Scully ontdekken dat één van de moordzuchtige personages uit het spel een eigen leven is gaan leiden. Uiteindelijk komen Mulder en de Lone Gunmen in het gevaarlijke spel vast zitten.

Aflevering 14: Theef

Mulder en Scully onderzoeken de gruwelijke moord op de schoonvader van een prominente arts, Dr. Wieder. Op de plek waar het slachtoffer wordt gevonden staat met bloed het woord Theef op de muur geschreven. Later komt ook de vrouw van Dr. Wieder op gruwelijke wijze om het leven. Mulder realiseert zich al snel dat er duistere magie in het spel is. De vader van een overleden kind blijkt wraak te willen nemen. Hij houdt Dr. Wieder namelijk verantwoordelijk voor de dood van zijn dochter.

Aflevering 15: En Ami **

Een kleine jongen wordt op mysterieuze wijze genezen van kanker. Volgens zijn ouders een wonder van God. Scully raakt geïntrigeerd door deze zaak. Al snel wordt duidelijk dat niet God, maar de Cigarette-Smoking Man verantwoordelijk is voor dit 'wonder'.

De Cigarette-Smoking Man beweert namelijk over een buitenaards geneesmiddel te beschikken dat alle ziektes op aarde kan helen. Hij zou deze kennis met Scully willen delen, maar alleen als ze samen met hem op reis gaat. Vervolgens krijgt de kijker iets meer inzicht in de duistere agenda van de Cigarette-Smoking Man.

Aflevering 16: Chimera

Mulder doet in de staat Vermont onderzoek naar de mysterieuze vermissing van een vrouw. Al snel begint hij te vermoeden dat het slachtoffer werd vermoord door een geest uit de onderwereld in de vorm van een raaf. De zaak blijkt uiteindelijk verband te houden met een uit de hand gelopen buitenechtelijke affaire.

Aflevering 17: all things

Scully komt toevallig een oude bekende tegen: Daniel Waterston. Lang geleden had ze met deze man een affaire, hoewel hij destijds getrouwd was. Scully wordt na haar bezoek aan Waterston aan het denken gezet. Heeft ze in haar leven wel de juiste keuzes gemaakt? Vervolgens heeft ze een bijzondere ervaring in een boeddhistische tempel.

Ondertussen zijn er aanwijzingen dat Mulder en Scully een intieme relatie zijn begonnen.

Opmerking: deze aflevering werd geschreven en geregisseerd door Gillian Anderson.

Aflevering 18: Brand X

Skinner moet een belangrijke getuige beschermen: James Scobie. Deze man wil binnenkort een belastende verklaring afleggen tegen zijn voormalige werkgever, de tabaksgigant Morley. Wanneer Scobie ineens op mysterieuze wijze om het leven komt, beginnen Mulder en Scully een onderzoek. Al snel wordt duidelijk dat Morley onlangs een nieuw soort super tabak heeft gecreëerd. De sigaretten die hiermee worden gemaakt blijken extreem dodelijk te zijn. Wie hiervan een sigaret rookt sterft namelijk binnen enkele uren.

Aflevering 19: Hollywood A.D.

Mulder en Scully onderzoeken een mysterieuze bomaanslag in de crypte van een kerk. Tijdens het onderzoek worden Mulder en Scully gevolgd door Wayne Federman, een oude vriend van Skinner. Federman is een scenarioschrijver uit Hollywood, die op zoek is naar inspiratie voor zijn nieuwe film. Skinner heeft hem toestemming gegeven om de zaak van dichtbij te volgen. Mulder en Scully zijn hier niet blij mee, omdat Federman het niet zo nauw neemt met de waarheid.

Opmerking: een komische aflevering, die werd geschreven en geregisseerd door David Duchovny. De X-File die Mulder en Scully onderzoeken speelt dit keer een ondergeschikte rol in het verhaal.

Aflevering 20: Fight Club

Mulder en Scully blijken dubbelgangers te hebben. Het gaat om twee collega FBI agenten uit Kansas, die grote gelijkenis vertonen met de echte Mulder en Scully. De dubbelgangers doen onderzoek naar een vreemde zaak. Op dat moment krijgen ze op straat ineens slaande ruzie. Naderhand beweren beiden op mysterieuze wijze de controle over hun verstand te zijn verloren.

Ook de echte Mulder en Scully trekken erop uit om de zaak te onderzoeken. Ze maken al snel kennis met twee verschillende vrouwen, Betty en Lulu, die precies hetzelfde uiterlijk hebben. (Beide personages worden gespeeld door dezelfde actrice, Kathy Griffin.) Betty en Lulu kunnen elkaar niet luchten of zien. Hun jarenlange conflict heeft massale vechtpartijen en zelfs aardbevingen tot gevolg.

Aflevering 21: Je Souhaite

Mulder en Scully doen onderzoek naar twee broers, Anson en Leslie Stokes. De mannen hebben gezelschap van een mysterieuze vrouw. Dit blijkt al snel een djinn te zijn, een eeuwenoud magisch wezen dat alle wensen kan vervullen. Helaas is Anson niet al te slim. Hij gaat daarom nogal onzorgvuldig om met de drie wensen die hij mag doen. Dit heeft tot gevolg dat hij op straat wordt doodgereden, omdat hij zo graag onzichtbaar wilde worden.

Aflevering 22: Requiem **

Precies zeven jaar na hun eerste gezamenlijke X-File keren Mulder en Scully terug naar de plaats waar het allemaal begon: het dorpje Bellefleur in Oregon. Een aantal van de destijds door aliens ontvoerde bewoners is nu weer verdwenen.

Ondertussen probeert de Cigarette Smoking Man de mislukte samenzwering een nieuw leven in blazen. Ook Krycek wordt om deze reden naar Oregon gestuurd. Al snel wordt duidelijk er in de bossen een buitenaards ruimteschip is neergestort. De aliens zijn nu bezig om alle bewijzen van hun experimenten op mensen weg te werken en nemen daarom al hun vroegere slachtoffers weer mee.

Uiteindelijk gebeurt er iets dat de levens van alle personages voorgoed zal veranderen: Mulder wordt ontvoerd door de aliens. En Scully - voorheen onvruchtbaar - blijkt ineens zwanger te zijn.

Aflevering 1: Within **

Mulder is spoorloos verdwenen: hij werd ontvoerd door aliens. De FBI weigert deze uitleg echter te geloven en zet meteen een speciale eenheid op die Mulder weer moet terug vinden. Deze eenheid wordt geleid door de uiterst serieuze en sceptische Special Agent John Doggett. Die wordt door zijn superieuren flink onder druk gezet om de zaak zo snel mogelijk op te lossen. Na een aanvaring met Doggett gaan Scully en Skinner zelf op zoek naar Mulder.

Opmerking: het personage John Doggett wordt geïntroduceerd.

Aflevering 2: Without **

Agent Doggett ontvangt informatie over het wonderkind Gibson Praise (uit de vorige seizoenen). Doggett raakt er hierdoor van overtuigd dat hij de vermiste Mulder alleen terug kan vinden als men eerst Gibson kan lokaliseren.

De zaak wordt echter steeds gecompliceerder wanneer er ook een buitenaardse bounty hunter opduikt. Deze neemt de gedaante van Mulder aan en probeert Gibson te ontvoeren. Ondertussen proberen Scully en Skinner de jongen uit handen van zowel de FBI alsook de aliens te houden.

Aan het einde van de aflevering kan Gibson ternauwernood worden gered, omdat Scully de bounty hunter kan doden. Mulder blijft echter spoorloos verdwenen. Dit heeft gevolgen voor de carrière van Agent Doggett, want hij krijgt van directeur Kersch te horen dat hij als straf voor zijn falen nu zelf naar de X-Files zal worden overgeplaatst. Doggett moet de nieuwe partner van Scully worden, maar is daar totaal niet blij mee.

Aflevering 3: Patience

Scully en haar nieuwe partner John Doggett moeten hun eerste gezamenlijke X-File oplossen. Het gaat om een aantal gruwelijke moordzaken in Idaho. Scully, die door haar vele ervaringen inmiddels een believer is geworden, komt al snel tot de conclusie dat de dader een soort levensgrote vleermuis mutant moet zijn. De sceptische Doggett heeft echter moeite om dat te accepteren en zoekt liever een andere verklaring.

Ondertussen vraagt Scully zich af in hoeverre zij haar nieuwe partner wel kan vertrouwen. Dat blijkt wederzijds te zijn. De samenwerking tussen Scully en Doggett verloopt dan ook niet bepaald soepel.

Aflevering 4: Roadrunners

Scully onderzoekt in Utah een mysterieuze moord, dit keer zonder haar nieuwe partner Doggett. Ze komt terecht in een afgelegen gehucht, dat bewoond wordt door de aanhangers van een vreemde sekte. Die lijken een slak-achtig wezen te aanbidden, waarin zij de wederkomst van Jezus zien. Al snel realiseert Scully zich echter dat het een grote fout was om deze zaak alleen te onderzoeken. De sekteleden blijken haar namelijk te hebben uitgekozen als hun volgende slachtoffer.

Aflevering 5: Invocation

Tien jaar geleden verdween de kleine Billy spoorloos. Nu duikt hij weer op, levend en op het eerste oog gezond. De jongen lijkt de afgelopen 10 jaar echter geen dag ouder te zijn geworden en gedraagt zich uiterst merkwaardig. Dit roept de vraag op of deze jongen wel de echte Billy is. Bij Doggett brengt deze zaak pijnlijke herinneringen naar boven. Zijn eigen zoontje Luke werd namelijk jaren geleden ontvoerd en vermoord door een onbekende.

Aflevering 6: Redrum

Een kennis van Doggett, de advocaat Martin Wells, wordt beschuldigd van de moord op zijn vrouw Vicky. De tijd loopt voor Martin echter niet vooruit, maar achteruit. Hierdoor komt de kijker steeds meer te weten over de ware toedracht van de dood van Vicky. Ondertussen kan Martin zelf zich niets herinneren van de moord, omdat hij deze gebeurtenis nog moet meemaken.

Aflevering 7: Via Negativa

Sekteleider Anthony Tipet vermoordt op mysterieuze wijze een reeks mensen. Twee van zijn slachtoffers zijn FBI agenten. Tipet blijkt echter een derde oog te hebben, waarmee hij zichzelf in de dromen van anderen kan projecteren. De zwangere Scully heeft ondertussen een paar dagen vrij genomen, waardoor Doggett en Skinner dit keer samen deze zaak onderzoeken. Ook krijgen ze hulp van The Lone Gunmen.

Aflevering 8: Surekill

Carlton Chase komt op mysterieuze wijze om het leven. Hij wordt namelijk doodgeschoten in een afgesloten politiecel. Scully en Doggett onderzoeken de zaak en ontdekken al snel dat de moordenaar een bijzondere gave heeft. Deze Randall kan namelijk dwars door muren heen kijken.

Aflevering 9: Salvage

Ray Pearce is onlangs overleden, maar blijkt op mysterieuze wijze toch weer tot leven te zijn gekomen. Hij is namelijk teruggekeerd als een soort 'metalen man', die over enorme krachten beschikt. Ray lijkt nu onoverwinnelijk te zijn geworden. Hij gebruikt zijn nieuwe gaven om verschillende mensen te vermoorden: hij wil wraak voor wat hem is aangedaan.

Aflevering 10: Badlaa

Een obese Amerikaanse zakenman komt op een vliegveld in India een mysterieuze bedelaar zonder benen tegen. Vervolgens komt deze Amerikaan op mysterieuze wijze om het leven in een hotel in Washington. Later duikt de bedelaar op in Maryland. Hij blijkt een nieuwe gedaante te hebben aangenomen

Scully en Doggett onderzoeken de zaak. Scully komt tot de conclusie dat de bedelaar in het lichaam van de dode Amerikaan naar de VS is gereisd. Voor Doggett is dit echter moeilijk te bevatten.

Aflevering 11: The Gift **

Doggett gaat verder met zijn zoektocht naar de vermiste Mulder. Hij komt een oude zaak op het spoor, waar Scully niets van wist. Het verhaal wordt deels in flashbacks verteld.

Na de gebeurtenissen uit de afleveringen Biogenesis en The Sixth Extinction (waarin Mulder werd blootgesteld aan een mysterieus buitenaards artefact) bleek Mulder een terminale hersenaandoening te hebben. Dit hielt hij echter geheim voor zijn partner. Op zoek naar een genezing kwam Mulder terecht in een dorpje in Pennsylvania. Volgens een oude Indiaanse legende zou hier in het bos een bijzonder wezen rondwaren: een 'zieleneter' met helende krachten.

Aflevering 12: Medusa

In de metro van Boston komt een politieman op mysterieuze wijze om het leven. Doggett en Scully onderzoeken de zaak en staan onder grote druk om meteen met antwoorden te komen. De autoriteiten willen de metro namelijk zo snel mogelijk weer laten rijden. Uiteindelijk blijkt in de metrotunnels een dodelijk micro-organisme rond te waren.

Aflevering 13: Per Manum **

Doggett en Scully onderzoeken de mysterieuze dood van Kathy McCready. Net als Scully werd deze vrouw jaren geleden ontvoerd. Ze kreeg hierna kanker. Verder bleek Kathy onvruchtbaar te zijn, maar ze werd later toch zwanger. Uiteindelijk beviel ze van een buitenaardse baby, waarna ze werd vermoord om dit geheim te houden.

Door deze zaak begint Scully zich grote zorgen te maken over haar eigen zwangerschap. Uit flashbacks blijkt dat Scully - onvruchtbaar geworden na haar ontvoering - zwanger probeerde te worden via kunstmatige inseminatie. Mulder diende als spermadonor. Dit mislukte echter. Later bleek Scully ineens toch zwanger te zijn.

Ondertussen wordt duidelijk dat de arts van Scully betrokken is bij geheime experimenten met buitenaardse embryo's. Dit roept natuurlijk de vraag op of ook Scully zwanger is van een buitenaards kind.

Aflevering 14: This Is Not Happening **

Theresa Hoese werd vorig seizoen tegelijk met Mulder ontvoerd door aliens. Nu wordt ineens haar lichaam gevonden. Skinner, Scully en Doggett gaan hierna meteen op onderzoek uit, in de hoop dat ook Mulder binnenkort zal worden teruggevonden.

Ondertussen blijkt er in de buurt een UFO sekte actief te zijn. De mysterieuze Absalom, de leider van deze groep, beweert dat hij de teruggevonden ontvoeringsslachtoffers kan redden. Onder de sekte leden blijkt zich namelijk een bekende te bevinden: de buitenaardse Jeremiah Smith. Hij heeft de gave om mensen te genezen.

Uiteindelijk ontdekt de FBI inderdaad het (levenloze) lichaam van Mulder. Tot grote wanhoop van Scully kan hij echter niet meer worden gered, omdat Smith ineens spoorloos is verdwenen.

Opmerking: in deze aflevering wordt de FBI agente Monica Reyes geïntroduceerd.

Aflevering 15: Deadalive **

Drie maanden na de begrafenis van Mulder staat Scully op het punt met zwangerschapsverlof te gaan. Doggett krijgt een overplaatsing aangeboden. Hij twijfelt echter, omdat zijn vertrek tevens het einde van de X-Files zou betekenen.

Elders wordt het levenloze lichaam van Billy Miles gevonden. Billy werd destijds tegelijkertijd met Mulder door aliens ontvoerd. Nu komt Billy op mysterieuze wijze ineens weer terug tot leven. Skinner besluit meteen om Mulder weer op te laten graven, omdat hij bang is dat Mulder misschien levend werd begraven. En inderdaad, ook Mulder vertoont ineens weer een teken van leven.

Billy begint al snel een zorgwekkende genetische transformatie te ondergaan. Scully ontdekt dat een buitenaards virus hiervoor verantwoordelijk is. De grote vraag is natuurlijk of Mulder binnenkort hetzelfde zal overkomen.

Ondertussen duikt Alex Krycek weer op. Hij probeert Skinner te chanteren. Skinner moet namelijk Scully’s ongeboren kind doden, maar hij weigert deze opdracht uit te voeren.

Uiteindelijk kan Mulder worden gered. Scully’s vreugde is groot wanneer haar partner weer bij bewustzijn komt.

Aflevering 16: Three Words **

Een man probeert het Witte Huis binnen te dringen. Hij wordt neergeschoten en sterft. Elders weet Absalom - voormalig leider van de UFO sekte uit This Is Not Happening - te ontsnappen uit de gevangenis. Hierna zoekt Absalom contact met Doggett. Hij onthult dat de man die het Witte Huis wilde binnendringen geheime informatie had over een buitenaardse invasie.

Ondertussen wordt Mulder uit het ziekenhuis ontslagen. Hij wil meteen weer aan het werk, maar de FBI ziet dit niet zitten. Dit weerhoudt Mulder er niet van om stiekem een eigen onderzoek te beginnen. Al snel komt het tot een eerste confrontatie tussen Mulder en Doggett.

Aflevering 17: Empedocles

Monica Reyes vraagt Mulder om hulp. Jaren geleden werd het zoontje van Doggett, Luke, onder mysterieuze omstandigheden ontvoerd en vermoord. De zaak werd destijds niet opgelost: de moordenaar werd nooit gepakt. Reyes is er echter van overtuigd dat er bovennatuurlijke elementen in het spel waren. Een theorie waar Doggett uiteraard niets van moet hebben.

Nu komt in New Orleans opnieuw een aantal mensen op mysterieuze wijze om het leven. Reyes ziet hierin meteen een verband van de dood van Luke. Doggett is woedend wanneer hij ontdekt dat Mulder zich met de zaak bezighoudt.

Aflevering 18: Vienen **

Op een boorplatform in de Golf van Mexico komt een medewerker op mysterieuze wijze om het leven. Omdat Scully inmiddels hoogzwanger is, moet Doggett de zaak dit keer alleen onderzoeken. Eenmaal op het platform aangekomen blijkt echter dat ook Mulder daar naartoe is gekomen: op eigen initiatief, zonder toestemming van de FBI.

Al snel wordt duidelijk dat alle mannen op het platform worden bezeten door de buitenaardse zwarte olie. Het duurt dan ook niet lang voordat Mulder en Doggett zich realiseren dat hun levens groot gevaar lopen.

Het boorplatform wordt uiteindelijk door een explosie vernietigd, maar gelukkig kunnen de twee agenten net op tijd ontkomen. Na zijn terugkeer naar Washington wordt Mulder echter door de FBI ontslagen.

Aflevering 19: Alone

Scully gaat met zwangerschapsverlof en dus krijgt Doggett tijdelijk een nieuwe partner toegewezen: de super enthousiaste agente Leyla Harrison. Samen moeten ze de mysterieuze dood van Arlen Sacks oplossen, die met gif werd vermoord door een onbekend wezen. Wanneer Doggett en Harrison tijdens hun onderzoek ineens vermist raken, gaat ook Mulder zich met de zaak bemoeien. Dit ondanks het feit dat hij onlangs door de FBI werd ontslagen.

Aflevering 20: Essence **

Billy Miles, nu een buitenaardse supersoldaat, blijkt een nieuwe missie te hebben. Hij begint namelijk alle bewijzen te vernietigen die te maken hebben met de buitenaardse experimenten. Eerst wordt een wetenschapper van Zeus Genetics vermoord. Zijn laboratorium wordt in brand gestoken. Ook de verloskundige van Scully, Dr. Parenti, wordt vermoord. Al snel wordt duidelijk dat Billy’s volgende doelwit het ongeboren kind van Scully zal zijn.

Aflevering 21: Existence **

Monica Reyes vlucht met de hoogzwangere Scully naar een verlaten gehucht op het platteland. Ze hopen hier veilig te zijn, maar al snel komen ze ook hier buitenaardse supersoldaten tegen. Precies op dat moment beginnen bij Scully de weeën.

Ondertussen proberen Mulder, Skinner en Doggett de gevaarlijke Billy Miles te stoppen. Verder zorgt ook de onbetrouwbare Alex Krycek voor nieuwe problemen. Doggett gaat hierdoor twijfelen aan de ware intenties van zijn informant Knowle Rohrer. Uiteindelijk wordt Krycek door Skinner doodgeschoten.

Aan het einde van de aflevering bevalt Scully van een schijnbaar normale, gezonde jongen. Opvallend is dat de supersoldaten moeder en kind meteen na de geboorte met rust laten en hierna in stilte vertrekken. Scully geeft haar zoon de naam William. Hoewel de precieze omstandigheden rond Williams verwekking onduidelijk blijven, wordt gesuggereerd dat zijn biologische vader gewoon Mulder is.

Aflevering 1: Nothing Important Happened Today, deel I **

Mulder blijkt te zijn ondergedoken. Scully is alleen achtergebleven met hun zoon William. Al snel wordt echter duidelijk dat het kind buitengewone krachten heeft.

Ondertussen zoekt Doggett contact met een oude collega uit het leger: Shannon McMahon. Doggett heeft echter niet in de gaten dat deze Shannon nu een door aliens gecreëerde supersoldaat is. Ze maakt deel uit van een geheim militair programma.

Aflevering 2: Nothing Important Happened Today, deel II **

Shannon McMahon onthult haar ware identiteit aan Doggett. Supersoldaten zien er weliswaar uit als normale mensen, maar zijn in werkelijkheid onsterfelijk en super sterk. Volgens Shannon wil men binnenkort op grote schaal nieuwe supersoldaten creëren door chemicaliën aan het drinkwater toe te voegen. Scully, Reyes en Doggett gaan vervolgens op onderzoek uit, maar komen hierdoor in conflict met een andere supersoldaat, de gevaarlijke Knowle Rohrer.

Aflevering 3: Dæmonicus

Scully is overgeplaatst naar de FBI academie. Dit betekent dat Doggett en Reyes nu samen de X-Files onderzoeken. Ze krijgen te maken met een reeks mysterieuze moorden in West Virginia. Het spoor leidt naar Josef Kobold, die bezeten lijkt te zijn door een demon. Doggett gelooft hier echter niet in.

Aflevering 4: 4-D

De FBI houdt Erwin Lukesh in de gaten, die wordt verdacht van een reeks moorden. Dit loopt echter behoorlijk uit de hand wanneer Doggett door Lukesh wordt neergeschoten. Hij komt zwaargewond in het ziekenhuis terecht. Vervolgens blijkt Reyes door de FBI als hoofdverdachte te worden gezien, omdat Lukesh tijdens de schietpartij haar wapen gebruikte. Ze wil haar onschuld bewijzen en doet hierna een opmerkelijke ontdekking: Lukesh kan tussen parallelle universums heen en weer reizen.

Aflevering 5: Lord of the Flies

Scully, Doggett en Reyes onderzoeken de mysterieuze dood van een tiener. Deze jongen wilde een stunt uitvoeren voor een reality programma op de lokale televisie, maar dit verliep niet volgens plan. Uit de hersenen van het slachtoffer kruipt naderhand een zwerm dodelijke vliegen.

Aflevering 6: Trust No 1 **

Scully wordt benaderd door een onbekend echtpaar, wiens dochter dezelfde mysterieuze krachten zou hebben als haar zoontje William. Het echtpaar vraagt Scully nu om hulp: ze willen persoonlijk contact met Mulder, omdat die meer van de zaak zou afweten en misschien kan helpen. Mulder zit echter ondergedoken voor zijn eigen veiligheid, hoewel hij nog wel via email communiceert met Scully.

Na enige aarzeling besluit Scully haar partner te overtuigen om terug naar huis te keren. Helaas wordt al snel duidelijk dat het om hinderlaag gaat. Een buitenaardse supersoldaat heeft namelijk plannen om Mulder en/of William te vermoorden.

Aflevering 7: John Doe

John Doggett ontwaakt in een verlaten gebouw ergens in Mexico. Hij blijkt aan geheugenverlies te lijden. Hij kan zich niet meer herinneren aan zijn naam en weet ook niet hoe hij in Mexico is terecht gekomen. Al snel wordt Doggett opgepakt door de lokale politie. Ondertussen proberen Scully en Reyes hun vermiste collega terug te vinden.

Aflevering 8: Hellbound

Reyes en Doggett onderzoeken in de staat Virginia een gruwelijke zaak: twee mannen werden op mysterieuze wijze levend gevild. Kort daarvoor hadden beide slachtoffers een visioen waarin een vriend van hen, Ed, ook levend werd gevild. Al snel kan deze Ed worden gearresteerd. Hij beweert echter onschuldig te zijn. Ondertussen blijkt in de jaren 60 al eens een reeks moorden te hebben plaatsgevonden waarbij de slachtoffers werden gevild.

Aflevering 9: Provenance **

Jaren geleden ontdekte Scully het wrak van een buitenaards schip aan de Afrikaanse kust (in de aflevering Biogenesis). Nu blijkt er opnieuw een buitenaards wrak te zijn gevonden, dit keer in Canada. Vervolgens probeert een mysterieuze man in te breken bij Scully thuis. Hij wil haar zoontje William vermoorden. De man blijkt ook een buitenaards artefact bij zich te hebben, vergelijkbaar met het artefact waar Mulder en Scully eerder mee in aanraking kwamen.

Aflevering 10: Providence **

Scully’s zoontje William wordt ontvoerd door de aanhangers van Zeke Josepho, leider van een vreemde UFO sekte. Deze groepering heeft in Canada het wrak van buitenaards schip gevonden. Josepho houdt er een aantal vreemde ideeën op na. Zo denkt hij dat de buitenaardse supersoldaten in werkelijkheid de engelen van God zijn.

Scully heeft weinig vertrouwen in de FBI om haar kind terug te vinden. Daarom gaat ze zelf op zoek, met behulp van Monica Reyes en de Lone Gunmen. Ze ontdekken dat Josepho’s volgelingen geloven dat er binnenkort een buitenaardse invasie zal plaatsvinden. William zal hierin een cruciale rol gaan spelen, aldus een oude voorspelling.

Uiteindelijk wordt William gezond teruggevonden. Alle sekte leden zijn echter op mysterieuze wijze om het leven gekomen. Ook het buitenaardse schip is verdwenen.

Aflevering 11: Audrey Pauley

Monica Reyes krijgt een ernstig auto ongeluk. Ze balanceert op de rand van leven en dood en komt in een coma terecht. Even later ontwaakt ze in een soort tussenwereld, waar ze kennis maakt met een mysterieuze vrouw: Audrey Pauley.

In de echte wereld wordt ondertussen vastgesteld dat Monica hersendood is. Omdat ze orgaandonor is, willen de artsen de beademing stop te zetten. Monica moet nu vechten voor haar leven. Wanhopig probeert ze een boodschap te sturen naar de echte wereld om te voorkomen dat haar leven wordt beëindigd.

Aflevering 12: Underneath

Jaren geleden was Doggett betrokken bij de arrestatie van de vermeende moordenaar Robert Fassl. Inmiddels heeft DNA onderzoek uitgewezen dat Fassl onschuldig is. Hij wordt daarom vrijgelaten. Dit tot grote woede van Doggett, die ervan overtuigd is dat deze man toch de echte dader is. Al snel wordt echter duidelijk dat Fassl een gespleten persoonlijkheid heeft. Zijn alter ego is een wraakzuchtige moordenaar.

Aflevering 13: Improbable

Monica Reyes zoekt een seriemoordenaar die gebruikt maakt van numerologie om zijn slachtoffers uit te kiezen. Tijdens het onderzoek komen Reyes en Scully in contact met een excentrieke oudere man, maar wie is deze mysterieuze man werkelijk?

Aflevering 14: Scary Monsters

De agenten Reyes, Doggett en Leyla Harrison reizen naar Pennsylvania om een vreemde zaak te onderzoeken. Een vrouw heeft zichzelf om mysterieuze reden doodgestoken. Al snel wordt duidelijk dat haar zoontje Tommy dodelijke fantasieën over insecten heeft, die ook daadwerkelijk tot leven komen.

Aflevering 15: Jump the Shark

De onbetrouwbare Morris Fletcher (uit de aflevering Dreamland) benadert Doggett en Reyes met geheime informatie over de buitenaardse supersoldaten. De agenten wenden zich vervolgens tot de Lone Gunmen. Een bekende van hen, de hacker Yves Adele Harlow, zou namelijk één van de super soldaten zijn. Uiteindelijk offeren Langly, Frohike en Byers hun eigen levens op om de wereld te redden.

Opmerking: in deze aflevering komen de Lone Gunmen om het leven. Overigens wordt in de latere X-Files comics onthuld dat de Lone Gunmen hun dood slechts zouden hebben geënsceneerd.

Aflevering 16: William **

William, het zoontje van Scully, bleek kort na zijn geboorte over buitengewone krachten te beschikken. Sindsdien werd verschillende keren geprobeerd om William te doden en/of te ontvoeren. Nu duikt er ineens een mysterieuze man op met een misvormt gezicht. Hij houdt Scully en haar kind stiekem in de gaten. Later geeft hij de baby een injectie met onbekende inhoud.

Een DNA test onthult dat de mismaakte man de dood gewaande Jeffrey Spender is, de halfbroer van Mulder. Hij beweert dat William half-buitenaards zou zijn. Door de injectie zou de baby echter weer een normaal kind zijn geworden. Desondanks waarschuwt Spender dat William ook in de toekomst het doelwit zal blijven van gevaarlijke groeperingen.

Scully realiseert zich dat Spender gelijk heeft en neemt uiteindelijk een moeilijke beslissing. Ze besluit haar kind voor zijn eigen veiligheid ter adoptie af te staan aan het kinderloze echtpaar Van De Kamp. Williams nieuwe ouders hebben geen idee van zijn ware afkomst.

Aflevering 17: Release

Rudolph Hayes, een geniale leerling van Scully, blijkt bijzonder veel talent te hebben om moordzaken op te lossen. Bij verschillende moorden wordt zijn hulp ingeroepen.

Ondertussen worstelt Doggett nog steeds met de onopgeloste dood van zijn zoon Luke, jaren geleden. Doggett vraagt Hayes daarom eens naar het mysterie rondom Luke te kijken. Al snel kan de jongeman inderdaad een aantal veelbelovende aanwijzingen geven. Totdat opvalt dat Hayes wel erg veel van de zaak af weet.

Aflevering 18: Sunshine Days

Twee jonge mannen willen inbreken in een huis, maar dat verloopt niet volgens plan. Een van de jongens komt namelijk op mysterieuze wijze om het leven. Vervolgens richten Doggett en Reyes hun onderzoek op de eigenaar van het huis, Oliver Martin. Dit blijkt al snel een nogal excentrieke man te zijn. Hij is namelijk geobsedeerd door The Brady Bunch, een oude sitcom uit de jaren 70.

Oliver heet in werkelijkheid Anthony Fogelman. Deze naam dook vele jaren geleden ook al eens op in een X-File. Fogelman blijkt sterke telekinetische gaven te hebben, waar hij weinig controle over heeft.

Aflevering 19 / 20: The Truth, deel I en deel II **

Na maandenlang ondergedoken te zijn geweest, wordt Mulder op een dag gearresteerd door het leger. Hij wordt ervan beschuldigd te hebben ingebroken op een militair terrein en zou daarbij ook een soldaat hebben gedood.

Mulder moet zich daarom verantwoorden tegenover een geheim militair tribunaal. Hij onthult op zoek te zijn geweest naar buitenaardse bewijzen. Skinner voert zijn verdediging en probeert d.m.v. allerlei getuigenverklaringen aan te tonen dat er al jaren contacten bestaan met aliens. Daarnaast wordt in flashbacks de hele buitenaardse mythologie van de serie nog eens samengevat.

Uiteindelijk wordt duidelijk dat het hele tribunaal slechts een showproces was. Mulder wordt ondanks alle bewijzen die hem vrijpleiten toch schuldig bevonden. Hierna besluiten Scully en Skinner Mulder uit de gevangenis te bevrijden. Ondertussen ontdekken Doggett en Reyes dat de X-Files opnieuw gesloten zijn door de FBI.

De aflevering eindigt in een motel in Roswell, New Mexico. Mulder en Scully liggen samen op bed. Hun toekomst is onzeker, omdat ze nu op de vlucht zijn voor de autoriteiten. Ze hebben alleen elkaar nog.

Aflevering 1: My Struggle **

Opmerking: het verhaal speelt ongeveer acht jaar na de film I Want To Believe.

Mulder en Scully zijn terug! Vele jaren na hun laatste X-File raakt het duo opnieuw betrokken bij een mysterieuze samenzwering. Hierin staat de rijke Tad O'Malley centraal, een aanhanger van complottheorieën. Hij heeft op het internet een eigen talkshow. De prominente O'Malley zegt bewijzen te hebben voor een nieuw complot van de Amerikaanse regering. Hij hoopt dat de twee ex-agenten, ervaringsdeskundigen op dit gebied, hem kunnen helpen. Scully is uiteraard sceptisch, maar Mulder is meteen geïntrigeerd.

Deze gebeurtenissen overtuigen FBI directeur Skinner er van om de X-Files te heropenen. Dit is natuurlijk slecht nieuws voor de Cigarette Smoking Man, die nog altijd blijkt te leven.

Aflevering 2: Founder's Mutation

Skinner heeft de X-Files heropent en dus gaan Mulder en Scully weer aan het werk bij de FBI. Hun eerste zaak is de mysterieuze dood van een wetenschapper, die betrokken was bij een geheim project voor het ministerie van Defensie. Dit onder leiding van Dr. Augustus Goldman, die al vele jaren allerlei genetische experimenten op kinderen uitvoert. Hiervoor worden baby’s van dakloze en verslaafde moeders afgepakt.

Officieel gebeurt dit om zieke kinderen te redden, maar Mulder en Scully vermoeden dat men bij de experimenten ook gebruikt maakt van buitenaards DNA. Goldman blijkt zelfs op zijn eigen kinderen te hebben geëxperimenteerd. Die hebben inmiddels buitengewone krachten ontwikkeld, maar hebben moeite om hun krachten onder controle te houden.

Bij Mulder en Scully brengt deze zaak oud zeer naar boven. Hun zoon William werd namelijk als baby ter adoptie afgestaan, wat ze nog lang niet hebben verwerkt. Scully’s grootste angst is dat ook zij voor een soortgelijk experiment werd gebruikt en dat haar zoon buitenaardse genen heeft.

Aflevering 3: Mulder and Scully Meet the Were-Monster

Mulder is gedesillusioneerd. Veel van de onopgeloste mysteries waar Mulder en Scully ooit aan hebben gewerkt blijken tegenwoordig namelijk gewoon logisch verklaarbaar te zijn. Ondertussen krijgen Mulder en Scully te maken met een nieuwe zaak. In een bos in Oregon worden een aantal lijken gevonden. De dader is volgens getuigen een gevaarlijk groen monster.

Al snel maakt Mulder kennis met een excentrieke man, die zichzelf Guy Mann noemt. Guy beweert tot voor kort als hagedis in het bos te hebben gewoond. Een zorgeloos bestaan, totdat hij door een mens werd gebeten. Hierna transformeerde Guy tot zijn grote schrik ineens zelf ook in een mens.

Aflevering 4: Home Again

Mulder en Scully onderzoeken een reeks gewelddadige moorden in Philadelphia. De moordenaar blijkt zijn slachtoffers moeiteloos in stukken te kunnen scheuren. Het spoor leidt naar een kunstenaar genaamd Trashman. Die creëerde onlangs een klei-beeld van een monsterlijk wezen: de Band-Aid Nose Man. Door Trashmans woede kwam het beeld op mysterieuze wijze tot leven.

Ondertussen ontvangt Scully slecht nieuws: haar moeder Margaret heeft een hartaanval gehad. Scully is immens verdrietig, maar blijft ook achter met veel onbeantwoorde vragen.

Aflevering 5: Babylon

Moslimterroristen plegen een aanslag in Texas. Een van de daders, Shiraz, overleeft echter. Hij is zwaargewond geraakt en ligt nu in een vegetatieve toestand in het ziekenhuis. De FBI onderzoekt de zaak en hoopt te kunnen achterhalen of de terroristen handlangers hadden.

In een poging contact te leggen met het bewustzijn van de comateuze Shiraz neemt Mulder paddo’s. Hij hoopt hierdoor een hoger bewustzijnsniveau te bereiken. Vervolgens heeft Mulder inderdaad een mysterieuze ervaring.

Opmerking: tijdens zijn trip komt de euforische Mulder terecht in een bar. In het publiek zitten zijn oude vrienden de Lone Gunmen met cowboyhoeden op. Dit drietal kwam in seizoen 9 om het leven.

Aflevering 6: My Struggle II **

Het vervolg op My Struggle deel I.

Tad O'Malley keert terug met nieuwe onthullingen. Hij beweert dat alle Amerikaanse burgers opzettelijk zijn besmet met een gevaarlijk buitenaards virus. Even later neemt Monica Reyes contact op met Scully. Monica blijkt de FBI te hebben verlaten. Nu werkt ze voor de Cigarette Smoking Man. Het virus is uiteraard zijn persoonlijke creatie, een voortzetting van de eerdere plannen van het Syndicaat. Monica hoopt deze plannen van binnen uit te kunnen tegenwerken.

Doel van het virus is om de mensheid uit te roeien. Slechts een kleine elite zal overleven, waaronder Scully. Scully heeft namelijk zelf ook buitenaards DNA (door haar ontvoering in het tweede seizoen). Dit beschermt haar tegen het virus.

Ondertussen ontdekt Mulder dat de Cigarette Smoking Man nog leeft. Mulder gaat naar hem toe voor een confrontatie. De Cigarette Smoking Man biedt de inmiddels ziek geworden Mulder een tegenmiddel aan voor het virus (in ruil voor samenwerking), maar Mulder weigert dit.

Opmerking: in deze aflevering duikt (ex-)FBI agente Monica Reyes weer op, die in seizoen 8 en 9 samen met collega John Doggett onderzoeker was van de X-Files. Wat er sindsdien met Doggett is gebeurd wordt in deze aflevering niet onthuld.

Aflevering 1: My Struggle III **

Het vervolg op My Struggle deel II.

De gebeurtenissen uit de vorige aflevering blijken niet echt te zijn geweest, maar slechts een visioen van Scully. Ze is echter ervan overtuigd dat haar visioen binnenkort alsnog werkelijkheid zal worden.

De Cigarette Smoking Man is namelijk inderdaad van plan om met een buitenaards virus het merendeel van de mensheid uit te roeien. William, de zoon van Scully, speelt in deze plannen een centrale rol. Hierdoor zijn verschillende groeperingen naar de jongen op zoek. Ook Mulder en Scully willen hun zoon terugvinden.

Dit leidt uiteindelijk nog tot een opvallende onthulling: de Cigarette Smoking Man beweert zelf de vader te zijn van William. Hij zou Scully tijdens de aflevering En Ami (uit het 7e seizoen) buiten haar weten om hebben geïnsemineerd.

Opmerking: Jeffrey Spender (de zoon van de CSM en half-broer van Mulder) duikt in deze aflevering weer op.

Aflevering 2: This

Mulder en Scully zijn verbaasd als ze ineens een bericht ontvangen van hun oude kameraad Richard Langly. Alle Lone Gunmen, waardoor Langly, kwamen namelijk 16 jaar geleden om het leven (zie Jump The Shark uit het negende seizoen). Vervolgens komen de agenten een geheim programma van de NSA op het spoor. De persoonlijkheden van een groep overleden knappe koppen werd gedigitaliseerd om van hun kennis te kunnen profiteren. De avatar van Langly onthult echter dat zijn nieuwe digitale bestaan verschrikkelijk is en vraagt Mulder en Scully de simulatie te stoppen.

Aflevering 3: Plus One

Mulder en Scully onderzoeken een aantal mysterieuze sterfgevallen. De slachtoffers lijken te zijn vermoord door hun eigen dubbelgangers. Het spoor leidt naar een schizofrene tweeling, Judy en Chuck, die alle twee sterke telepathische gaven hebben. Hun favoriete spelletje is een extreme variant van galgje.

Aflevering 4: The Lost Art of Forehead Sweat

Mulder en Scully maken kennis met een excentrieke man genaamd Reggie. Die beweert een goede vriend te zijn van de agenten. Zo zou hij jarenlang met hen hebben samengewerkt en zelfs de X-Files hebben opgericht. Mulder en Scully zijn echter totaal onbekend met deze man. Is Reggie een ontspoorde gek (zoals Scully denkt), is hij misschien afkomstig uit een parallel universum (zoals Mulder denkt) of is hij het slachtoffer van geheime geheugen manipulatie (zoals Reggie zelf denkt)?

Aflevering 5: Ghouli **

Tijdens een onderzoek naar een 'monster' komen Mulder en Scully onverwachts hun zoon William op het spoor. Hij blijkt na zijn adoptie een nieuwe naam te hebben gekregen: Jackson van de Kamp. De jongen is inmiddels 17 jaar oud en blijkt allerlei bijzondere krachten te hebben. Jackson wordt hierdoor het doelwit van gevaarlijke regeringsagenten, die denken dat hij het resultaat is van experimenten met buitenaards DNA. Om zichzelf te redden ensceneert Jackson zijn eigen dood en slaat vervolgens op de vlucht.

Aflevering 6: Kitten

Mulder en Scully onderzoeken dit keer de mysterieuze verdwijning van hun FBI baas Walter Skinner. Die blijkt in 1969 als jonge soldaat in Vietnam te hebben gediend. Daar werd Skinner, samen met zijn kameraad John "Kitten" James, blootgesteld aan een experimenteel geel gas. Tot op de dag van vandaag wordt het gas door de regering voor mysterieuze tests gebruikt. In een dorpje in Kentucky leidt dit tot een aantal opmerkelijke sterfgevallen.

Opmerking: in deze aflevering duikt de FBI directeur Kersh weer op. Hij was voor het laatst te zien in seizoen negen.

Aflevering 7: Rm9sbG93ZXJz

Mulder en Scully gaan uit eten in een volledig geautomatiseerd sushi restaurant. Menselijk personeel is hier niet aanwezig. Al snel blijkt de kunstmatige intelligentie die het restaurant bestuurt een eigen leven te leiden. Wanneer Mulder het systeem boos maakt door geen fooi te geven, moeten de agenten ineens vechten voor hun leven.

Opmerking: een Black Mirror-achtige aflevering, waarin Mulder en Scully slechts zeer weinig tekst hebben.

Aflevering 8: Familiar

Mulder en Scully onderzoeken in het dorpje Eastwood de mysterieuze dood van een kleine jongen. Mulder vermoedt al snel dat er hekserij in het spel is. Enkele dagen later wordt ook een tweede kindje dood aangetroffen. Hierna lopen de emoties in het dorp hoog op. Uiteindelijk blijkt een uit de hand gelopen buitenechtelijke affaire de oorzaak van alle ellende te zijn.

Aflevering 9: Nothing Lasts Forever

Een aantal gewelddadige moorden leidden naar een mysterieuze sekte, die gelooft door middel van kannibalisme eeuwig jong te kunnen blijven.

Aflevering 10: My Struggle IV **

Jackson alias William is nog steeds op de vlucht. Hij gebruikt zijn bijzondere krachten om uit handen van de autoriteiten te blijven. Terwijl Scully wordt geplaagd door mysterieuze visoenen, gaat ook Mulder op zoek naar William. Net wanneer Mulder en Scully de jongen eigenlijk hebben gevonden, komt het tot een gewelddadige confrontatie met de Cigarette Smoking Man. Die blijkt inderdaad de biologische vader van William te zijn en dus niet Mulder.

In de laatste scènes lijken de Cigarette Smoking Man, Skinner en Reyes allemaal te sterven. William ensceneert opnieuw zijn eigen dood en duikt onder. Mulder en Scully beginnen hierna te accepteren dat ze eigenlijk nooit echt de ouders van William zijn geweest. Binnenkort krijgen ze echter een tweede kans: Scully is weer zwanger en dit keer is Mulder wel de vader. Hiermee eindigt de serie.